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lxc1109木蟲 (小有名氣)
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[求助]
追蹤IRC 出現(xiàn)Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO 已有1人參與
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剛接觸高斯，打算學(xué)下過渡態(tài)計(jì)算，先找個(gè)結(jié)構(gòu)練練，得到過渡態(tài)， 用過渡態(tài)計(jì)算完的log文件 計(jì)算追蹤IRC，總是有 下面的錯(cuò)誤 （Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.） Leave Link 1 at Thu Feb 21 11:02:36 2019, MaxMem= 0 cpu: 0.0 (Enter /home/jy/g09/l101.exe) FileIO operation on non-existent file. FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20502 Len= 100 IPos= 4 Q= 98060672 dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles = 14 SizExt = 524288 WInBlk = 512 defal = T LstWrd = 596480 FType=2 FMxFil=10000 Number 0 501 502 598 989 991 992 993 Base 180224 43520 72192 76800 44544 65536 65024 43008 End 596480 44520 76297 76802 64544 72098 65033 43208 End1 596480 44544 76800 77312 65024 72192 65536 43520 Wr Pntr 180224 43520 72192 76800 44544 65536 65024 43008 Rd Pntr 180224 43520 72192 76800 44544 72098 65033 43208 Length 416256 1000 4105 2 20000 6562 9 200 Number 994 995 996 997 998 999 Base 40448 42496 41472 41984 40960 77312 End 40478 42516 41672 42058 41160 179816 End1 40960 43008 41984 42496 41472 180224 Wr Pntr 40448 42496 41472 41984 40960 77312 Rd Pntr 40478 42516 41672 42055 41160 79816 Length 30 20 200 74 200 102504 dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles = 1 SizExt = 0 WInBlk = 512 defal = F LstWrd = 65536 FType=2 FMxFil=10000 Number 0 Base 40448 End 65536 End1 65536 Wr Pntr 40448 Rd Pntr 40448 Length 25088 dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles = 1 SizExt = 524288 WInBlk = 512 defal = T LstWrd = 65536 FType=2 FMxFil=10000 Number 0 Base 40448 End 65536 End1 65536 Wr Pntr 40448 Rd Pntr 40448 Length 25088 Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO. 輸入文件 %chk=liu-ir.chk #p irc=calcfc rpm6 scrf=(iefpcm,solvent=toluene) guess=tcheck geom=(connectivity,allcheck) genchk Title Card Required 0 1 Pd 2.07078200 -0.08542800 -0.27616000 P 2.26602200 -0.78895600 1.84871700 C 1.66601800 -2.58153300 1.66550200 C 4.09427600 -1.03722400 2.28949300 O 3.55739600 -1.22196700 -0.27590200 C 3.39874400 -2.27739700 -1.24829700 O 2.61028800 -1.86676000 -2.28970800 C 4.81554600 -2.58527200 -1.73827800 C -3.60515700 1.53161600 -0.39552100 C -2.27892400 1.56717400 -0.92837700 C -1.53239600 0.38408600 -0.99689300 C -2.13380400 -0.84220300 -0.54521300 C -3.41192400 -0.85565700 -0.03966300 C -4.16219100 0.34884100 0.04219100 C -0.17693500 0.17406900 -1.48744500 C 0.23800000 -1.11582500 -1.42311100 S -0.99882800 -2.14941500 -0.77521900 S -4.30705100 3.12898200 -0.42253000 C -2.86578700 3.83397400 -1.14732300 C -1.90143400 2.91045300 -1.34827600 C -4.25308900 -1.98544900 0.48726100 N -5.49464100 -1.36720700 0.86690400 C -5.50828100 0.05250100 0.62227500 O -6.44506800 0.77156300 0.86115500 O -4.01774800 -3.16114800 0.60013200 C -6.62941300 -2.10730400 1.44681200 H 4.55397000 -0.09374700 2.59992900 H 4.19055000 -1.75551500 3.11003200 H 0.58345900 -2.61880200 1.49587600 H 4.67140600 -1.42985900 1.43295500 H 2.15954200 -3.10857200 0.83344800 H 1.87651500 -3.14565800 2.58162800 H 2.93020100 -3.13090900 -0.69162300 H 4.80982300 -3.45090800 -2.40878100 H 5.49342500 -2.78464000 -0.90452000 H 5.21395600 -1.73446100 -2.30381400 H 0.36227100 0.99422600 -1.96148800 H -2.84486700 4.88930200 -1.37319900 H -0.92879200 3.10317900 -1.78646200 H -6.51556400 -2.20570600 2.54082200 H -7.57679200 -1.57716500 1.24131600 H -6.68985900 -3.12047400 1.01061000 C 4.55692500 1.36038800 0.25583700 C 5.26834700 2.51336000 0.60813400 C 4.59110200 3.62836400 1.11719900 C 3.19970800 3.60024200 1.26402500 C 2.47744200 2.45271300 0.91037900 C 3.17613800 1.34312400 0.43397800 H 1.39134500 2.43657800 1.00873100 H 5.06676900 0.48098200 -0.15339100 H 6.35029800 2.54346300 0.48140900 H 5.14829500 4.52169800 1.39433600 H 2.67450200 4.47311700 1.65070800 H 1.41337200 -1.67646500 -1.96383800 1 2 1.0 5 1.0 48 1.0 2 3 1.0 4 1.0 3 29 1.0 31 1.0 32 1.0 4 27 1.0 28 1.0 30 1.0 5 6 1.0 6 7 1.0 8 1.0 33 1.0 7 8 34 1.0 35 1.0 36 1.0 9 10 1.5 14 2.0 18 1.0 10 11 1.5 20 1.0 11 12 1.5 15 1.0 12 13 2.0 17 1.0 13 14 1.5 21 1.0 14 23 1.0 15 16 2.0 37 1.0 16 17 1.0 17 18 19 1.0 19 20 2.0 38 1.0 20 39 1.0 21 22 1.0 25 2.0 22 23 1.0 26 1.0 23 24 2.0 24 25 26 40 1.0 41 1.0 42 1.0 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 1.5 48 1.5 50 1.0 44 45 1.5 51 1.0 45 46 1.5 52 1.0 46 47 1.5 53 1.0 47 48 1.5 49 1.0 48 49 50 51 52 53 54 請高手指點(diǎn)下下 想追蹤IRC為什么運(yùn)行不了嗎？ |
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paramecium86
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lxc1109: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 解釋很詳細(xì)耐心 2019-03-23 22:53:14
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lxc1109: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 解釋很詳細(xì)耐心 2019-03-23 22:53:14
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錯(cuò)誤信息一開始有 FileIO operation on non-existent file. 這個(gè)提示 那就是和你的chk文件有關(guān)系。 在輸入文件的關(guān)鍵詞里有 guess=tcheck geom=(connectivity,allcheck) genchk 也就是說 這是要高斯從chk文件里讀取各種信息。但是如果chk文件里并沒包含這個(gè)信息。高斯什么都讀取不到 自然就會報(bào)錯(cuò)。 這個(gè)input文件是一個(gè)高斯內(nèi)置的多步任務(wù)才會用到的輸入文件寫法。如果是咱們自己分步計(jì)算一般不需要寫這么多關(guān)鍵詞。 既然這個(gè)是irc計(jì)算，那一般上一步計(jì)算應(yīng)該是OPT=TS運(yùn)算之類的。 irc計(jì)算的chk文件，應(yīng)該用上一步生成的那個(gè)chk的名字。高斯才會去讀取到相應(yīng)的信息。 而且既然都已經(jīng)要高斯去讀取上一步的結(jié)構(gòu) 電荷 和多重度這些信息 ，那就不需要再寫一次了。也就是 這個(gè)文件寫命令行部分就行了 后面都不用寫。 改完以后大概就是 %chk=上一步生成的那個(gè)chk文件名字 #p irc=calcfc rpm6 scrf=(iefpcm,solvent=toluene) guess=tcheck geom=allcheck 這樣就可以了 之后什么都不用寫了。 或者 不想用上一步生成的chk文件，而且這個(gè)后面給出的分子坐標(biāo)就是TS的坐標(biāo) 那也可以 那就刪除guess=tcheck 和 allcheck 和 genchk 這些相關(guān)語句。 也就是命令行部分改成 %chk=liu-ir.chk #p irc=calcfc rpm6 scrf=(iefpcm,solvent=toluene) geom=connectivity 之后的那一大堆分子坐標(biāo)和連接信息都不需要?jiǎng)�。維持原樣。 以上兩種改法都可以。 不過一般還是第一種比較常用。 |
3樓2019-03-23 21:08:00
lkk1213
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lxc1109
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4樓2019-03-23 22:53:19
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