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虛擬？現(xiàn)實新蟲 (初入文壇)
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[交流]
phonopy安裝步驟 已有4人參與
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phonopy安裝： 參考：http://m.gaoyang168.com/html/201611/10848643_2.html 第一步：準(zhǔn)備文件 1、python-3.6 (https://www.python.org/downloads/source/) 2、numpy-1.11.2 (http://www.scipy.org/scipylib/download.html) 3、lxml-3.6.4 (http://lxml.de/) 4.matplotlib1.3.1(https://sourceforge.net/projects ... b/matplotlib-1.3.1/ ) 5、PyYAML-3.12 (http://pyyaml.org/) 6、phonopy-1.11.0 (https://sourceforge.net/projects/phonopy/) 第二步：安裝Python-3.6.0b3.tar.xz tar xvf Python-3.6.0b3.tar.xz cd Python-3.6 ./configure --prefix= /home/…/phonopy/Python-3.6/build （在python解壓目錄事先新建build目錄，省略部分根據(jù)每個人電腦而定） make make install 設(shè)置環(huán)境變量 vi ~/.bashrc 在.bashrc文件末尾加入： export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:注意這是python解壓路徑（以下同理）/build/lib export PATH=$PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/bin export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6:$PATH source ~/.bashrc 測試 命令行輸入python3.6（不一定是python3.6, 也可以是python），若成功會出現(xiàn)（避免和系統(tǒng)自帶/usr/bin混淆） Python 3.6.0b3 (default, Nov 6 2016, 02:12:05) [GCC 4.9.3] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>>（以后出現(xiàn)"都代表“”，換成引號） 第三步：安裝numpy-1.11.2.tar.gz tar xzvf numpy-1.11.2.tar.gz cd numpy-1.11.2 cp site.cfg.example site.cfg vi site.cfg： 修改以下文件中如下所示部分： # [mkl] # library_dirs = /opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/32/ # lapack_libs = mkl_lapack # mkl_libs = mkl, guide 注意：mkl前面的注釋一定要去掉，此外，左端不能留空格。 修改為如下所示（根據(jù)實際情況修改）： [mkl] library_dirs = /opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64（找到intel編譯器安裝位置： /../intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64，以下同理，我的是2015版本） include_dirs = /../opt/intel/composer_xe_2015/mkl/include 以下兩行不用修改： lapack_libs = mkl_lapack95_lp64 mkl_libs=mkl_def,mkl_intel_lp64,mkl_intel_thread,mkl_core,guide,iomp5 （最后一行逗號為英文輸入法下面的） python3.6 setup.py build --help-fcompiler 查看下可用的編譯器，結(jié)果發(fā)現(xiàn)--fcompiler=intelem可用 python3.6 setup.py build --fcompiler=intelem python3.6 setup.py install --home=Python3.6解壓目錄/pymodule (--home 是可以自己選擇安裝目錄，=后的路徑即是所要安裝的目錄，以下五個包的安裝目錄都可以自己選擇，) （pymodule是自己在python解壓目錄下新建的numpy安裝目錄） vi ~/.bashrc 添加下面內(nèi)容： PYTHONPATH=”${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib/python”;(找到numpy對應(yīng)的安裝目錄下的/lib/python，以下同理,比如我選擇的安裝目錄： (/workfs/cac/zhangchao/soft/phonopy/numpy1.5.1/lib/python) （這段命令： ${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib/python寫進(jìn)引號里，后加不加；都行） export PYTHONPATH export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/bin:$PATH export PYTHONPATH=/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib/python source ~/.bashrc 讓python知道到哪里去找模塊 測試python是否能夠調(diào)用numpy： cd .. (退出 numpy的目錄之后再測試numpy） 這一步一定要做，不然會出錯， ImportError: Error importing numpy. 輸入：python3.6 進(jìn)入python界面 import numpy (以下的安裝都是這樣測試) 執(zhí)行 numpy 看是否出錯 Python 3.2.3 (default, Mar 16 2019, 17:11:51) [GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-18)] on linux2 Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import numpy >>> 出現(xiàn)以上情況即是成功了。 第四步：安裝lxml-3.6.4.tgz tar xzvf lxml-3.6.4.tgz cd lxml-3.6.4 vi ~/.bashrc 添加下面內(nèi)容： PYTHONPATH=”;${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/lxml/lib/python"” （lxml是自己在python解壓目錄下新建的lxml安裝目錄） source ~/.bashrc python3.6 setup.py install --home=選擇的lxml的安裝目錄 第五步：安裝matplotlib-1.5.0.tar.gz tar xzvf matplotlib-1.5.0.tar.gz cd matplotlib-1.5.0 vi ~/.bashrc 添加下面內(nèi)容： PYTHONPATH=” ${PYTHONPATH}:/../matplotlib /lib/python"” （matplotlib是matplotlib安裝目錄） source ~/.bashrc python3.6 setup.py install --home=Python3.6解壓目錄/ matplotlib 這一步容易出問題，可能需要很多組件，比如distribution，h5py，setuptools等，根據(jù)你出錯的內(nèi)容自己添加必要的組件，一般直接百度相關(guān)的組件下載就行，安裝方式一樣，解壓后使用命令：python（根據(jù)你安裝的能調(diào)出python的命令，我的是python，我參考的網(wǎng)站是python3.6，以上及以下的出現(xiàn)python3.6都是這種情況） setup.py install就行 可參考：https://blog.csdn.net/dream_it_life/article/details/78780820，當(dāng)然可能不止這些組件，自己搜素。 第六步：安裝PyYAML-3.12.tar.gz tar xzvf PyYAML-3.12.tar.gz cd PyYAML-3.12 vi ~/.bashrc 添加下面內(nèi)容： PYTHONPATH=”${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pyyaml/lib /python"” （pyyaml是自己在python解壓目錄下新建的pyyaml安裝目錄） source ~/.bashrc python3.6 setup.py test python3.6 setup.py install --home=Python3.6解壓目錄/pyyaml 這一步的測試不是import pyyaml 而是：--home=后的安裝目錄/lib/python 之后出現(xiàn)的文件名（其他的也是這樣），我的是yaml。 所以使用的命令是：import yaml 第七步：安裝phonopy-1.11.0.tar.gz tar xzvf phonopy-1.11.0.tar.gz cd phonopy-1.11.0 python3.6 setup.py install 把/home/…/phonopy/phonopy-1.11.0/build/scripts-3.6的phonopy（這個是解壓目錄）拷貝到usr/bin（這個是安裝路徑下的/bin，我的是/workfs/cac/zhangchao/soft/phonopy/Phonopy/bin） 測試： 在安裝目錄的bin下運行phonopy(我的是/workfs/cac/zhangchao/soft/phonopy/Phonopy/bin) 命令是： ./phonopy 出現(xiàn)以下情況即是成功 _ _ __ | |__ ___ _ __ ___ _ __ _ _ | '_ \| '_ \ / _ \| '_ \ / _ \ | '_ \| | | | | |_) | | | | (_) | | | | (_) || |_) | |_| | | .__/|_| |_|\___/|_| |_|\___(_) .__/ \__, | |_| |_| |___/ 1.11.2 Crystal structure file of POSCAR (default file name) could not be found. ___ _ __ _ __ ___ _ __ / _ \ '__| '__/ _ \| '__| | __/ | | | | (_) | | \___|_| |_| \___/|_| |
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