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李鴻忠新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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模擬軟件介紹小匯總 已有6人參與
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https://blog.csdn.net/youngstonep/article/details/18503355 http://blog.sciencenet.cn/blog-588243-482123.html 這是我在網(wǎng)上找到的，比較全面的，模擬領(lǐng)域常用軟件。看到以前有同學(xué)也曾發(fā)起過(guò)類(lèi)似模擬軟件匯總貼，多多益善。 ABINIT http://www.abinit.org/ ABINIT的主程序使用贗勢(shì)和平面波, 用密度泛函理論計(jì)算總能量, 電荷密度, 分子和周期性固體的電子結(jié)構(gòu), 進(jìn)行幾何優(yōu)化和分子動(dòng)力學(xué)模擬, 用TDDFT(對(duì)分子)或GW近似(多體微擾理論)計(jì)算激發(fā)態(tài). 此外還提供了大量的工具程序. 程序的基組庫(kù)包括了元素周期表1-109號(hào)所有元素. ABINIT適于固體物理, 材料科學(xué), 化學(xué)和材料工程的研究, 包括固體, 分子, 材料的表面, 以及界面, 如導(dǎo)體、半導(dǎo)體、絕緣體和金屬. ADF http://www.scm.com/ ADF是專(zhuān)門(mén)作密度泛函計(jì)算的軟件. 包括ADF和BAND兩部分, ADF部分的簡(jiǎn)介見(jiàn)下. BAND部分類(lèi)似, 但專(zhuān)門(mén)用于計(jì)算周期性體系(晶體, 聚合物等). ADF-GUI和BAND-GUI分別在圖形界面下創(chuàng)建ADF和BAND的計(jì)算任務(wù)和圖形顯示結(jié)果. ATOMISTIX TOOLKIT http://www.quantumwise.com/ Atomistix ToolKit (ATK)是一個(gè)能模擬納米結(jié)構(gòu)體系和納米器件的電學(xué)性質(zhì)和量子輸運(yùn)性質(zhì)的第一性原理電子結(jié)構(gòu)計(jì)算程序. 對(duì)于所模擬的納米器件的電極, 它可以是納米管或金屬. 對(duì)于所模擬的納米結(jié)構(gòu)體系, 它可以是兩種不同材料形成的界面區(qū), 或界于兩個(gè)金屬表面之間的分子. ATK是由Atomistix公司在McDCal、SIESTA和TranSIESTA等電子結(jié)構(gòu)計(jì)算程序包的基礎(chǔ)上根據(jù)現(xiàn)代軟件工程原理開(kāi)發(fā)出來(lái)的第一個(gè)商用的模擬電子輸運(yùn)性質(zhì)的大型計(jì)算軟件, 它的前身是TranSIESTA-C.基于密度泛函理論, ATK實(shí)現(xiàn)了贗勢(shì)法和原子軌道線性組合方法等現(xiàn)代電子結(jié)構(gòu)計(jì)算方法. 在此基礎(chǔ)上, 它利用非平衡格林函數(shù)方法來(lái)處理納米器件在外置偏壓下的電子輸運(yùn)性質(zhì). 因此它能處理納米器件中的兩個(gè)電極具有不同化學(xué)勢(shì)時(shí)的情況,能計(jì)算納米器件在外置偏壓下的電流、穿過(guò)接觸結(jié)的電壓降、電子透射波和電子的透射系數(shù)等等. ATK也實(shí)現(xiàn)了自旋極化的電子結(jié)構(gòu)計(jì)算方法, 因此它也可以處理納米器件中相關(guān)的磁性和自旋輸運(yùn)問(wèn)題. 除此之外, ATK也能進(jìn)行傳統(tǒng)的電子結(jié)構(gòu)計(jì)算, 處理孤立的分子體系和具有周期性的體系. 另外ATK也采用非常有效和穩(wěn)定的算法來(lái)精確地計(jì)算原子所受的力并優(yōu)化體系的幾何結(jié)構(gòu). CP2K http://cp2k.berlios.de/ 用于固態(tài)、液體、分子和生物體系的原子和分子模擬. 方法包括從第一定律密度泛函方法, 到參量化經(jīng)典雙體、多體勢(shì). 使用的交換-相關(guān)泛含有: 交換部分: Slater, VWN, Pade; Becke88, Perdew86, PBE; 相關(guān)部分: VWN, Pade; LYP, Perdew86, PBE, 其中自旋極化只用于Becke88. CP2k包含Quickstep, 使用高斯基和平面波混合基組, 對(duì)大體系進(jìn)行線性標(biāo)度的密度泛函計(jì)算. QUICKSTEP http://cp2k.berlios.de/quickstep.html Quickstep是使用高斯基和平面波混合基組的DFT程序, 用于研究復(fù)雜大體系(如液體, 晶體, 蛋白質(zhì), 界面, 等). 它既可以模擬靜態(tài)特性(如用TDDFT計(jì)算光譜, 總能量的導(dǎo)數(shù)特性), 也可以模擬動(dòng)態(tài)特性(如基于分子動(dòng)力學(xué)的彌散). Quickstep是CP2k的一部分. CPMD http://www.cpmd.org/ 密度泛函平面波贗勢(shì)代碼, 用于分子動(dòng)力學(xué)從頭計(jì)算. DL_POLY http://www.cse.scitech.ac.uk/ccg/software/DL_POLY/ DL_POLY是串行和并行分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件包. DL_POLY目前有兩個(gè)版本. DL_POLY_2是原始版本, 用復(fù)制數(shù)據(jù)的方法并行化, 適用于在100個(gè)處理器上模擬三萬(wàn)個(gè)原子的情況; DL_POLY_3的并行化使用區(qū)域分解, 適用于在8至1024個(gè)處理器上,模擬百萬(wàn)量級(jí)的原子. 對(duì)于一個(gè)DL_POLY許可, 同時(shí)提供兩個(gè)版本. DL_POLY還提供基于JAVA語(yǔ)言的圖形用戶界面. ELK http://elk.sourceforge.net/ Elk是遵守GNU GPL協(xié)議的FP-LAPW代碼, 具有很多高級(jí)功能. 以前的名稱(chēng)叫EXCITING. FLAPW http://flapw.com/ QMD公司的完全勢(shì)線性綴加平面波(QMD-FLAPW)第一性原理量子力學(xué)軟件包, 是固體密度泛函理論迄今最準(zhǔn)確的實(shí)現(xiàn). QMD-FLAPW對(duì)二維和三維周期邊界條件的材料體系執(zhí)行準(zhǔn)確的理論計(jì)算. QMD-FLAPW適于研究金屬, 半導(dǎo)體和絕緣體,密堆積結(jié)構(gòu)和開(kāi)放結(jié)構(gòu), 可以處理周期表中的所有元素. QMD-FLAPW克服了DFT在激發(fā)態(tài)處理上的失敗. 自洽屏蔽交換LDA和模型GW選項(xiàng)為預(yù)測(cè)半導(dǎo)體和絕緣體帶隙提供了工程精度, 可以不需要添加參數(shù), 完全基于從頭算法計(jì)算這些體系的光學(xué)光譜. FLEUR http://www.flapw.de/fleur.html 完全勢(shì)線性綴加平面波(FLAPW)代碼. 這是一種密度泛函理論全電子方法, 普遍應(yīng)用于周期表的全部原子和開(kāi)殼層結(jié)構(gòu)體系, 包括表面, 團(tuán)簇和有機(jī)分子. 在固體物理中這是一種非常精確的電子結(jié)構(gòu)方法, 甚至可以處理用贗勢(shì)方法難以處理的體系. GULP http://www.ivec.org/GULP/ GULP可以對(duì)三維周期性固體, 氣相團(tuán)簇和大體積材料中的孤立缺陷進(jìn)行各種模擬. 通過(guò)使用殼模型, GULP還可以處理分子固體和離子材料. 與其它模擬程序不同的是, GULP對(duì)固體使用對(duì)稱(chēng)性從而簡(jiǎn)化輸入, 加速計(jì)算. 這會(huì)有一個(gè)數(shù)量級(jí)的改善. GULP現(xiàn)在已包含在Materials Studio軟件包中. GAUSSVIEW http://www.gaussian.com/ GaussView是Gaussian的圖形用戶界面, 用于觀察分子, 設(shè)置和提交Gaussian計(jì)算任務(wù), 顯示結(jié)果. GAUSSIAN http://www.gaussian.com/ Gaussian是做半經(jīng)驗(yàn)計(jì)算和從頭計(jì)算使用最廣泛的量子化學(xué)軟件, 可以研究: 分子能量和結(jié)構(gòu), 過(guò)渡態(tài)的能量和結(jié)構(gòu), 化學(xué)鍵以及反應(yīng)能量, 分子軌道, 偶極矩和多極矩, 原子電荷和電勢(shì), 振動(dòng)頻率, 紅外和拉曼光譜, NMR, 極化率和超極化率, 熱力學(xué)性質(zhì), 反應(yīng)路徑. 計(jì)算可以模擬在氣相和溶液中的體系,模擬基態(tài)和激發(fā)態(tài). Gaussian 03還可以對(duì)周期邊界體系進(jìn)行計(jì)算. Gaussian是研究諸如取代效應(yīng),反應(yīng)機(jī)理,勢(shì)能面和激發(fā)態(tài)能量的有力工具. LAMMPS http://www.cs.sandia.gov/~sjplimp/lammps.html 一般性分子模擬軟件, 兼容當(dāng)前大多數(shù)的勢(shì)能模型, 可以模擬軟材料和固體物理系統(tǒng). MAPS http://www.scienomics.com/ MAPS是一套模擬工具, 包括創(chuàng)建分子、周期結(jié)構(gòu)和聚合物的模型, 高質(zhì)量的OpenGL 3D顯示功能, 以及模擬工具. 在圖形用戶界面GUI中: 控制ABINIT任務(wù), 進(jìn)行周期體系的量子力學(xué)計(jì)算; 控制MNDO任務(wù), 進(jìn)行大分子體系的半經(jīng)驗(yàn)量子力學(xué)計(jì)算; 控制NAMD任務(wù), 進(jìn)行大分子體系的經(jīng)典分子力學(xué)計(jì)算和分子動(dòng)力學(xué)模擬; 控制Turbomole任務(wù), 進(jìn)行有限分子體系的高精度量子力學(xué)計(jì)算. 這些計(jì)算代碼已經(jīng)連接到MAPS的圖形界面中, 可以選擇遠(yuǎn)程服務(wù)器, 選擇處理器個(gè)數(shù), 和進(jìn)行任務(wù)管理. 即使是新手, 也可以迅速地創(chuàng)建分子或晶體模型, 設(shè)定計(jì)算, 預(yù)測(cè)重要的分子特性, 如分子結(jié)構(gòu), 電子和光學(xué)特性,甚至是模擬動(dòng)力學(xué)現(xiàn)象, 如反應(yīng)和分子動(dòng)力學(xué)性. MATERIALS EXPLORER http://us.fujitsu.com/biosciences, http://software.fujitsu.com/jp/materials-explorer/ Materials Explorer是FUJITSU公司的一款擁有強(qiáng)大的分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算功能的軟件包, 是結(jié)合應(yīng)用領(lǐng)域來(lái)研究材料工程的有力工具. Materials Explorer可以用來(lái)研究有機(jī)物、高聚物、生物大分子、金屬、陶瓷材料、半導(dǎo)體等晶體、非晶體、溶液, 流體, 液體和氣體相變、膨脹、壓縮系數(shù)、抗張強(qiáng)度、缺陷等. Materials Explorer軟件中包含2Body, 3Body, EAM, AMBER等63個(gè)力場(chǎng)可供用戶選擇. Materials Explorer軟件擁有完美的圖形界面, 方便使用者操作. NANO-SCALE DEVICE SIMULATION http://www.ciss.iis.u-tokyo.ac.j ... /download/index.php 納米器件模擬程序包. 包含圖形集成環(huán)境CHASE-3PT, 基于第一性原理贗勢(shì)方法的能帶計(jì)算程序PHASE, 贗勢(shì)程序CIAO, 基于第一性原理贗勢(shì)方法的介電性質(zhì)分析程序UVSOR, 完全勢(shì)全電子能帶程序ABCAP, 緊束縛模型程序FXZTX, 疏運(yùn)性質(zhì)分析程序ASCOT, 以及混合模擬程序CAMUS-FSIS, 等. 使用手冊(cè)為日文. CHASE-3PT, Nano-scale Device Simulation程序包的圖形集成環(huán)境. 目前主要用于控制PHASE和相關(guān)的程序. ABCAP, Nano-scale Device Simulation程序包的基于第一性原理的全電子能帶計(jì)算程序. 計(jì)算使用目前最準(zhǔn)確的FLAPW方法, 可處理d-電子和f-電子體系. ABCAP在應(yīng)用中澄清了很多關(guān)于材料的電性和磁性問(wèn)題. ASCOT, Nano-scale Device Simulation程序包的疏運(yùn)性質(zhì)分析程序, 用緊束縛模型和格林函數(shù)方法分析碳體系的疏運(yùn)性質(zhì).可以計(jì)算傳遞系數(shù)和器件區(qū)域的態(tài)密度. CAMUS-FSIS, Nano-scale Device Simulation程序包的混合模擬程序, 可以對(duì)大型硅材料的子體系在各種理論層次(第一性原理、緊束縛和分子力學(xué))下進(jìn)行模擬. 第一性原理區(qū)域使用PHASE. CIAO, Nano-scale Device Simulation程序包的基于第一性原理的全電子原子軌道計(jì)算程序, 用fortran 90編寫(xiě), 可用于從全電子勢(shì)得到贗勢(shì). 這些贗勢(shì)可用于第一性原理贗勢(shì)PHASE程序計(jì)算和量子疏運(yùn)計(jì)算(即將在CHASE-3PT中提供). CIAO對(duì)電子態(tài)的算法與PHASE基本相同, 此外, CIAO還能求解PHASE不能解決的問(wèn)題, 如自旋-軌道耦合態(tài), 自旋極化相對(duì)論態(tài), 以及軌道間的庫(kù)侖能. FXZTX, Nano-scale Device Simulation程序包的緊束縛模型能帶計(jì)算程序. PHASE, Nano-scale Device Simulation程序包的基于第一性原理贗勢(shì)方法的能帶計(jì)算程序. UVSOR, Nano-scale Device Simulation程序包的介電性質(zhì)分析程序. 程序基于第一性原理贗勢(shì)方法, 可以計(jì)算材料的電子介電函數(shù)和格子介電函數(shù). UVSOR與PHASE共享輸入文件, 計(jì)算基于PHASE的輸出. OCTOPUS http://www.tddft.org/programs/octopus/ 激發(fā)電子-離子動(dòng)力學(xué)的第一定律程序. 研究電子結(jié)構(gòu), 激發(fā)態(tài)動(dòng)力學(xué), 分子動(dòng)力學(xué)等. OPENMX http://www.openmx-square.org/ OpenMX是材料模擬程序包, 用于實(shí)現(xiàn)基于密度泛函理論的大標(biāo)度從頭計(jì)算. 在DFT計(jì)算中有三個(gè)部分是相當(dāng)耗時(shí)的: 求解哈密頓矩陣元素, 求解泊松方程, 以及對(duì)角化廣義久期方程. 而在OpenMX中, 根據(jù)計(jì)算量和內(nèi)存, 幾乎可以用O(N)標(biāo)度完成每一步. 此外對(duì)于大標(biāo)度的計(jì)算, 還支持用MPI共享內(nèi)存的并行計(jì)算, 每個(gè)節(jié)點(diǎn)都是動(dòng)態(tài)分配內(nèi)存. 因此OpenMX是涵蓋生物材料和復(fù)合材料的納米尺度材料科學(xué)中, 有用而強(qiáng)大的工具. 計(jì)算使用贗原子軌道和贗勢(shì), 它們由ADPACK原子密度泛函程序計(jì)算產(chǎn)生. PARSEC http://www.ices.utexas.edu/parsec/software/index.html 使用局域密度近似(LDA)的實(shí)空間網(wǎng)格電子結(jié)構(gòu)計(jì)算代碼, 計(jì)算使用贗勢(shì). 代碼可以用含時(shí)密度泛函理論計(jì)算局部體系的光學(xué)特性. 對(duì)于團(tuán)簇, 可以進(jìn)行從頭分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算. 代碼目前還不支持并行計(jì)算. QUANTUM-ESPRESSO http://www.quantum-espresso.org/ ESPRESSO意為“op(E)n (S)ource (P)ackage for (R)esearch in (E)lectronic (S)tructure, (S)imulation, and (O)ptimization”. Quantum-ESPRESSO軟件包基于密度泛函理論, 使用平面波基組和贗勢(shì). 它包含以下代碼: PWscf http://www.quantum-espresso.org/: 電子結(jié)構(gòu), 結(jié)構(gòu)優(yōu)化, 分子動(dòng)力學(xué), 振動(dòng)特性和介電特性. FPMD: Car-Parrinello可變晶胞的分子動(dòng)力學(xué)程序. 它基于R. Car和M. Parrinello的原始代碼. CP: Car-Parrinello可變晶胞的分子動(dòng)力學(xué)程序. 它基于R. Car和M. Parrinello的原始代碼. PWgui: 產(chǎn)生PWscf輸入文件的圖形用戶界面. atomic: 用于原子計(jì)算和產(chǎn)生贗勢(shì). SIESTA http://www.icmab.es/siesta/ SIESTA用于分子和固體的電子結(jié)構(gòu)計(jì)算和分子動(dòng)力學(xué)模擬. SIESTA使用標(biāo)準(zhǔn)的Kohn-Sham自恰密度泛函方法, 結(jié)合局域密度近似(LDA-LSD)或廣義梯度近似(GGA). 計(jì)算使用完全非局域形式(Kleinman-Bylander)的模守恒贗勢(shì). 基組是數(shù)值原子軌道的線性組合(LCAO). 它允許任意個(gè)角動(dòng)量, 多個(gè)zeta, 極化和截?cái)嘬壍? 計(jì)算中把電子波函和密度投影到實(shí)空間網(wǎng)格中, 以計(jì)算Hartree和XC勢(shì), 及其矩陣元素. 除了標(biāo)準(zhǔn)的Rayleigh-Ritz本征態(tài)方法以外, 程序還允許使用占據(jù)軌道的局域化線性組合.使得計(jì)算時(shí)間和內(nèi)存隨原子數(shù)線性標(biāo)度, 因而可以在一般的工作站上模擬幾百個(gè)原子的體系. 程序用Fortran 90編寫(xiě), 可以動(dòng)態(tài)分配內(nèi)存, 因此當(dāng)要計(jì)算的問(wèn)題尺寸發(fā)生改變時(shí), 無(wú)需重新編譯. 程序可以編譯為串行和并行(需要MPI)模式. SMEAGOL http://www.smeagol.tcd.ie/ Smeagol是基于密度泛函理論(DFT)和非平衡格林函數(shù)疏運(yùn)方法(NEGF)的從頭電子疏運(yùn)代碼, 用于計(jì)算原子標(biāo)度器件的疏運(yùn)特性. Smeagol用DFT作為主要的電子結(jié)構(gòu)工具. 非周期開(kāi)放體系在NEGF方案中用Kohn-Sham方程求解, 接下來(lái)從Landauer公式獲得電流. Smeagol目前使用SIESTA作為DFT平臺(tái)(需要另外申請(qǐng)). VASP http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/ VASP是使用贗勢(shì)和平面波基組, 進(jìn)行從頭量子力學(xué)分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算的軟件包, 它基于CASTEP 1989版開(kāi)發(fā). VAMP/VASP中的方法基于有限溫度下的局域密度近似(用自由能作為變量)以及對(duì)每一MD步驟用有效矩陣對(duì)角方案和有效Pulay混 合求解瞬時(shí)電子基態(tài). 這些技術(shù)可以避免原始的Car-Parrinello方法存在的一切問(wèn)題, 而后者是基于電子、離子運(yùn)動(dòng)方程同時(shí)積分的方法. 離子和電 子的相互作用超緩Vanderbilt贗勢(shì)(US-PP)或投影擴(kuò)充波(PAW)方法描述. 兩種技術(shù)都可以相當(dāng)程度地減少過(guò)渡金屬或第一行元素的每個(gè)原子 所必需的平面波數(shù)量. 力與張量可以用VAMP/VASP很容易地計(jì)算, 用于把原子衰減到其瞬時(shí)基態(tài)中. VIRTUAL NANOLAB http://www.quantumwise.com/ Virtual NanoLab (VNL)是Atomistix ToolKit (ATK)對(duì)應(yīng)的圖形界面軟件, 它具有友好的圖形界面操作環(huán)境, 以輕松進(jìn)行納米器件在原子尺度模擬的建模、計(jì)算和數(shù)據(jù)分析等可視化操作. 其中VNL的計(jì)算引擎是內(nèi)嵌的ATK. VNL中的操作流程與真實(shí)實(shí)驗(yàn)中的情況類(lèi)似, 它為用戶提供了多種工具并通過(guò)原子尺度模擬來(lái)輕松建立“虛擬的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)”: 構(gòu)造納米器件的原子幾何結(jié)構(gòu)、模擬器件的電子結(jié)構(gòu)和電學(xué)性質(zhì). 目前發(fā)行的穩(wěn)定版本包括了原子操作模塊(Atomic Manipulator)、納米結(jié)構(gòu)透視模塊(Nanoscope)、晶體構(gòu)造模塊(Crystal Grower)、納米管構(gòu)造模塊(Nanotube Grower (Cupboard))和能譜計(jì)算模塊(Energy Spectrometer). WEN2K http://www.wien2k.at/ 用密度泛函理論計(jì)算固體的電子結(jié)構(gòu). 它基于能帶結(jié)構(gòu)計(jì)算最準(zhǔn)確的方案——完全勢(shì)(線性)綴加平面波(L)APW + 局域軌道(lo)方法. 在密度泛函中可以使用局域(自旋)密度近似(LDA)或廣義梯度近似(GGA). WIEN 2000使用全電子方案, 包含相對(duì)論影響. WXDRAGON http://schmeling.ac.rwth-aachen.de/user/bernhard/wxdragon.html 用于分子/晶體圖形顯示和編寫(xiě)輸入文件的圖形界面程序. XCRYSDEN http://www.xcrysden.org/ 顯示晶體和分子的結(jié)構(gòu)和電子密度程序. 它還可以處理倒格子空間的特性, 如繪制能帶結(jié)構(gòu)圖, 顯示Fermi面, 等. |
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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感恩的心，我想問(wèn)下老師您，openmx怎樣使用？計(jì)算需要哪些文件？謝謝 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
5樓2019-10-10 09:40:08
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鐵蟲(chóng) (小有名氣)
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6樓2022-11-30 23:53:06
7樓2022-12-22 20:49:08
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[基金申請(qǐng)] 請(qǐng)問(wèn)大家，研究風(fēng)險(xiǎn)與應(yīng)對(duì)措施那里， 大家都怎么寫(xiě)呢 ？ +3 | cauasen 2026-03-02 | 3/150 |
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[考研] 理學(xué)，工學(xué)，農(nóng)學(xué)調(diào)劑，少走彎路，這里歡迎您！ +8 | likeihood 2026-03-02 | 11/550 |
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[考研]
計(jì)算機(jī)學(xué)碩 分?jǐn)?shù)285求調(diào)劑
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glwshine 2026-03-02 | 5/250 |
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[考研] 材料工程求調(diào)劑 +3 | 1431251 2026-03-03 | 3/150 |
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[考研] 291 求調(diào)劑 +3 | 化工2026屆畢業(yè)?/a> 2026-03-02 | 3/150 |
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[考研] 290求調(diào)劑 +9 | 材料專(zhuān)碩調(diào)劑； 2026-02-28 | 11/550 |
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[基金申請(qǐng)]
剛錄用，沒(méi)有期刊號(hào)，但是在線可看的論文可以放為代表作嗎
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arang1 2026-03-01 | 3/150 |
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