版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

登錄注冊

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號能夠正常使用，請盡快對帳號進(jìn)行手機(jī)號驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時(shí)熱門版塊排行榜

返回列表

Xyan

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 109.2
紅花: 3
帖子: 121
在線: 25.4小時(shí)
蟲號: 7244785
注冊: 2017-09-29
性別: MM
專業(yè): 能源化工

[求助] 用Intel 2019 Parallel Studio XE編譯vasp5.4.4測試的時(shí)候出現(xiàn)問題，求助大佬�。�！已有2人參與

求助大佬Vasp5.4.4編譯出來之后運(yùn)行有問題，不知道怎么解決，我是直接用的Intel 2019 Parallel Studio XE全套的,
Intel(R) Parallel Studio XE 2019 Update 1 for Linux*
Copyright (C) 2009-2018 Intel Corporation. All rights reserved.
[root@localhost yan]# which icc ifort icpc mpiifort
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/bin/intel64/icc
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/bin/intel64/ifort
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/bin/intel64/icpc
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mpi/intel64/bin/mpiifort

問題如下：
[root@localhost vasp.Hg]# mpirun -np 4 vasp
Abort(1094543) on node 0 (rank 0 in comm 0): Fatal error in PMPI_Init: Other MPI error, error stack:
MPIR_Init_thread(639)......:
MPID_Init(860).............:
MPIDI_NM_mpi_init_hook(689): OFI addrinfo() failed (ofi_init.h:689:MPIDI_NM_mpi_init_hook:No data available)
Abort(1094543) on node 1 (rank 1 in comm 0): Fatal error in PMPI_Init: Other MPI error, error stack:
MPIR_Init_thread(639)......:
MPID_Init(860).............:
MPIDI_NM_mpi_init_hook(689): OFI addrinfo() failed (ofi_init.h:689:MPIDI_NM_mpi_init_hook:No data available)
Abort(1094543) on node 2 (rank 2 in comm 0): Fatal error in PMPI_Init: Other MPI error, error stack:
MPIR_Init_thread(639)......:
MPID_Init(860).............:
MPIDI_NM_mpi_init_hook(689): OFI addrinfo() failed (ofi_init.h:689:MPIDI_NM_mpi_init_hook:No data available)
Abort(1094543) on node 3 (rank 3 in comm 0): Fatal error in PMPI_Init: Other MPI error, error stack:
MPIR_Init_thread(639)......:
MPID_Init(860).............:
MPIDI_NM_mpi_init_hook(689): OFI addrinfo() failed (ofi_init.h:689:MPIDI_NM_mpi_init_hook:No data available)
[cli_0]: readline failed
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp             0000000001567364  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007F9F5F7CC5D0  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000041E11F  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000043C964  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000013863F9  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000040EBE2  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.17.so    00007F9F5F1103D5  __libc_start_main    Unknown  Unknown
vasp             000000000040EAE9  Unknown             Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp             0000000001567364  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007FCEC50B35D0  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007FCEC50B26DE  read                Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007FCEC79D299F  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007FCEC79D1D32  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007FCEC60148D0  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007FCEC60C5613  MPIR_Err_return_c    Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0 00007FCEC6CA9299  MPI_Init             Unknown  Unknown
libmpifort.so.12.  00007FCEC8A4A4EB  MPI_INIT             Unknown  Unknown
vasp             000000000041DF6D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000043C964  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000013863F9  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000040EBE2  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.17.so    00007FCEC49F73D5  __libc_start_main    Unknown  Unknown
vasp             000000000040EAE9  Unknown             Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)

make之后也編譯出來了，在拿Hg測試的時(shí)候發(fā)現(xiàn)上面的問題，想知道這個(gè)是哪個(gè)方面的問題，要怎么解決？其中makefile.include文件沒有改，如下：

# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DHOST=\"LinuxIFC\"\
         -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 \
         -Duse_collective \
         -DscaLAPACK \
         -DCACHE_SIZE=4000 \
         -Davoidalloc \
         -Duse_bse_te \
         -Dtbdyn \
         -Duse_shmem

CPP       = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)

FC       = mpiifort
FCL       = mpiifort -mkl=sequential -lstdc++

FREE    = -free -names lowercase

FFLAGS    = -assume byterecl -w
OFLAG    = -O2
OFLAG_IN = $(OFLAG)
DEBUG    = -O0

MKL_PATH = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS    =
LAPACK    =
BLACS    = -lmkl_blacs_intelmpi_lp64
SCALAPACK  = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS)

OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o

INCS    =-I$(MKLROOT)/include/fftw

LLIBS    = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)

OBJECTS_O1 += fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o

# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB = $(CPP)
FC_LIB    = $(FC)
CC_LIB    = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB = $(FREE)

OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o

# For the parser library
CXX_PARS = icpc

LIBS    += parser
LLIBS    += -Lparser -lparser -lstdc++

# Normally no need to change this
SRCDIR    = ../../src
BINDIR    = ../../bin

#================================================
# GPU Stuff

CPP_GPU = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK

OBJECTS_GPU = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o

CC       = icc
CXX       = icpc
CFLAGS    = -fPIC -DADD_ -Wall -openmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS

CUDA_ROOT  ?= /usr/local/cuda/
NVCC    := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc
CUDA_LIB := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas

GENCODE_ARCH := -gencode=arch=compute_30,code=\"sm_30,compute_30\" \
               -gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \
               -gencode=arch=compute_60,code=\"sm_60,compute_60\"

MPI_INC = $(I_MPI_ROOT)/include64/

不知道bashrc的路徑寫的是不是有問題，也貼出來請大佬幫忙看看。
# .bashrc

# User specific aliases and functions

alias rm='rm -i'
alias cp='cp -i'
alias mv='mv -i'

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
. /etc/bashrc
fi

source /opt/intel/parallel_studio_xe_2019/psxevars.sh
export PATH=$PATH:/home/vasp.5.4.4/vasp.5.4.4/bin

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

282分材料專業(yè)求調(diào)劑院校已經(jīng)有15人回復(fù)
化工284求調(diào)劑已經(jīng)有12人回復(fù)
288求調(diào)劑已經(jīng)有13人回復(fù)
一志愿安徽大學(xué)材料工程專碩313分，求調(diào)劑的學(xué)校已經(jīng)有3人回復(fù)
考研一志愿長安大學(xué)材料與化工309分請求調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)
085600材料與化工 326 求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
085600材料與化工，一志愿廣州985，求調(diào)劑已經(jīng)有15人回復(fù)
環(huán)境調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
材料調(diào)劑，307分已經(jīng)有9人回復(fù)
0817一志愿蘇州大學(xué)280復(fù)試調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)

1樓 2019-02-05 17:26:57

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

回帖支持 ( 顯示支持度最高的前 50 名 )

風(fēng)易辭

鐵蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 3 (幼兒園)
金幣: 48.5
紅花: 1
帖子: 49
在線: 15.2小時(shí)
蟲號: 3440274
注冊: 2014-09-25
性別: GG
專業(yè): 信息安全

【答案】應(yīng)助回帖

試試 export I_MPI_FABRICS=shm 再vasp跑下看看

贊一下(4人)

回復(fù)此樓

9樓2019-11-05 21:26:27

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

一川煙草

鐵桿木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 30 (小學(xué)生)
金幣: 3173.1
散金: 1222
紅花: 12
帖子: 337
在線: 871.3小時(shí)
蟲號: 1524551
注冊: 2011-12-05
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

【答案】應(yīng)助回帖

mpi有問題，換用老版本openmpi_1.6.5+intel_2019，最穩(wěn)定

贊一下(2人)

回復(fù)此樓

7樓2019-02-09 10:22:43

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

匿名

用戶注銷 (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 588.6
散金: 210
紅花: 4
帖子: 220
在線: 249.2小時(shí)
蟲號: 0
注冊: 2015-07-21
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

★ ★
Xyan(漫天飄雪代發(fā)): 金幣+2, 謝謝交流 2019-02-05 19:06:36

本帖僅樓主可見

贊一下

2樓2019-02-05 18:49:08

已閱申請1ST強(qiáng)帖回復(fù)此樓編輯查看我的主頁

風(fēng)易辭

鐵蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 3 (幼兒園)
金幣: 48.5
紅花: 1
帖子: 49
在線: 15.2小時(shí)
蟲號: 3440274
注冊: 2014-09-25
性別: GG
專業(yè): 信息安全

引用回帖:

9樓: Originally posted by 風(fēng)易辭 at 2019-11-05 21:26:27
試試 export I_MPI_FABRICS=shm 再vasp跑下看看

試試 export FI_PROVIDER=sockets

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

10樓2019-11-05 21:34:38

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

普通回帖

Xyan

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 109.2
紅花: 3
帖子: 121
在線: 25.4小時(shí)
蟲號: 7244785
注冊: 2017-09-29
性別: MM
專業(yè): 能源化工

引用回帖:

2樓: Originally posted by healthappy at 2019-02-05 18:49:08
第一不要在root下面運(yùn)行任務(wù)，養(yǎng)成習(xí)慣
第二檢查內(nèi)存

沒有在root下面運(yùn)行就出現(xiàn)下面的報(bào)錯：
[yan@localhost vasp.Hg]$ mpirun -np 4 vasp
[proxy:0:0@localhost.localdomain] HYD_spawn (../../../../../src/pm/i_hydra/libhydra/spawn/hydra_spawn.c:113): execvp error on file vasp (No such file or directory)
[proxy:0:0@localhost.localdomain] HYD_spawn (../../../../../src/pm/i_hydra/libhydra/spawn/hydra_spawn.c:113): execvp error on file vasp (No such file or directory)
[proxy:0:0@localhost.localdomain] HYD_spawn (../../../../../src/pm/i_hydra/libhydra/spawn/hydra_spawn.c:113): execvp error on file vasp (No such file or directory)
[proxy:0:0@localhost.localdomain] HYD_spawn (../../../../../src/pm/i_hydra/libhydra/spawn/hydra_spawn.c:113): execvp error on file vasp (No such file or directory)

贊一下

回復(fù)此樓

3樓2019-02-05 20:03:54

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

匿名

用戶注銷 (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 588.6
散金: 210
紅花: 4
帖子: 220
在線: 249.2小時(shí)
蟲號: 0
注冊: 2015-07-21
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

本帖僅樓主可見

贊一下

4樓2019-02-05 21:36:16

已閱申請1ST強(qiáng)帖回復(fù)此樓編輯查看我的主頁

Xyan

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 109.2
紅花: 3
帖子: 121
在線: 25.4小時(shí)
蟲號: 7244785
注冊: 2017-09-29
性別: MM
專業(yè): 能源化工

引用回帖:

4樓: Originally posted by healthappy at 2019-02-05 21:36:16
你在哪安裝的？Ubuntu? 如果是在cluster或者超算上面一般用提交腳本。VASP5.4.4安裝后在bin下有vasp_std vasp_soc vasp_gamma版本。能找到vasp安裝路徑？
https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Installin ...

你好，我是在centos7下安裝的

發(fā)自小木蟲IOS客戶端

贊一下

回復(fù)此樓

5樓2019-02-05 22:58:29

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

Xyan

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 109.2
紅花: 3
帖子: 121
在線: 25.4小時(shí)
蟲號: 7244785
注冊: 2017-09-29
性別: MM
專業(yè): 能源化工

引用回帖:

5樓: Originally posted by Xyan at 2019-02-05 22:58:29
你好，我是在centos7下安裝的
...

安裝之后那三個(gè)版本文件也都有

發(fā)自小木蟲IOS客戶端

贊一下

回復(fù)此樓

6樓2019-02-05 22:59:47

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

Xyan

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 109.2
紅花: 3
帖子: 121
在線: 25.4小時(shí)
蟲號: 7244785
注冊: 2017-09-29
性別: MM
專業(yè): 能源化工

引用回帖:

7樓: Originally posted by 一川煙草 at 2019-02-09 10:22:43
mpi有問題，換用老版本openmpi_1.6.5+intel_2019，最穩(wěn)定

是的，現(xiàn)在換了openmpi,已經(jīng)可以了，謝謝你！

發(fā)自小木蟲IOS客戶端

贊一下

回復(fù)此樓

8樓2019-02-17 19:18:13

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主 Xyan 的主題更新

返回列表

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]		作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 環(huán)境調(diào)劑 +4	曉看天暮看云 2026-03-09	4/200	2026-03-10 08:22 by 斬魂滴兔子！
[碩博家園] 木蟲好像不熱鬧了，是不是？ +3	偏振片 2026-03-10	3/150	2026-03-10 07:49 by flyboyflyfly
[考研] 一志愿北京化工大學(xué)材料與化工296分求調(diào)劑 +8	稻妻小編 2026-03-09	8/400	2026-03-10 06:42 by laoshidan
[考研] 315食品工程求調(diào)劑 +3	Oreov0 2026-03-06	5/250	2026-03-10 00:39 by wdwdoo
[考博] 申博 +5	添菜了哈 2026-03-04	8/400	2026-03-09 10:52 by jamesqi
[考研] 337求調(diào)劑 +3	睡醒，。 2026-03-09	3/150	2026-03-09 10:02 by 求調(diào)劑zz
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑，總分309分，一志愿華南師范 +3	花與葉@ 2026-03-08	3/150	2026-03-09 05:48 by houyaoxu
[考研] 求調(diào)劑，一志愿江南大學(xué)，食品科學(xué)與工程，總分，320 +3	yyyyyukino 2026-03-07	3/150	2026-03-08 23:07 by 清風(fēng)月
[考研] 2026考研求調(diào)劑-材料類-本科211一志愿985-初試301分 +7	蟲友233 2026-03-07	7/350	2026-03-08 22:35 by 小木蟲tim
[考研] 材料化工求調(diào)劑 +7	博斯特525 2026-03-06	8/400	2026-03-08 03:51 by lfhuang
[考研] 08工科 +4	li李樂成 2026-03-06	4/200	2026-03-07 21:46 by 韓應(yīng)許
[考研] 一志愿中國石油大學(xué)（華東）本科齊魯工業(yè)大學(xué) 求調(diào)劑 +3	snw石 2026-03-07	3/150	2026-03-07 20:01 by houyaoxu
[考研] 276求調(diào)劑本科天津工業(yè)大學(xué) 一志愿北京化工大學(xué)0855 +4	路lyh123 2026-03-06	6/300	2026-03-07 11:37 by shdliugang
[考博] 2026年博士名額撿漏 +4	科研ya 2026-03-04	7/350	2026-03-06 16:05 by 科研ya
[考研] 化學(xué)專業(yè)調(diào)劑 +5	好好好1233 2026-03-04	6/300	2026-03-06 15:38 by @颯颯颯颯
[考研] 0856材料與化工求調(diào)劑！ +5	化工考生111 2026-03-04	11/550	2026-03-06 01:20 by 化工考生111
[考研] 085602 293分求調(diào)劑 +3	SivanNano. 2026-03-05	3/150	2026-03-05 19:41 by caszguilin
[考研] 301求調(diào)劑 +4	李LJR 2026-03-04	4/200	2026-03-05 13:31 by Iveryant
[考研] 一志愿中科大080500總分324求調(diào)劑 +3	jorna 2026-03-03	6/300	2026-03-04 16:20 by 花開富貴幸福人?/a>
[考研] 298求調(diào)劑一志愿中海洋 +3	lour. 2026-03-03	3/150	2026-03-03 20:41 by gxg2025

24小時(shí)熱門版塊排行榜

[求助] 用Intel 2019 Parallel Studio XE編譯vasp5.4.4測試的時(shí)候出現(xiàn)問題，求助大佬�。�！ 已有2人參與

» 猜你喜歡

【答案】應(yīng)助回帖

【答案】應(yīng)助回帖

[求助] 用Intel 2019 Parallel Studio XE編譯vasp5.4.4測試的時(shí)候出現(xiàn)問題，求助大佬�。�！已有2人參與