 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1478 | 回復(fù): 0 | ||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||||
將進(jìn)酒杯新蟲(chóng) (初入文壇)
|
[交流]
基于配體的虛擬篩選
|
|||
|
虛擬篩選(virtual screening，VS)是指基于藥物設(shè)計(jì)理論，借助計(jì)算機(jī)的技術(shù)和專業(yè)應(yīng)用軟件，從大量化合物中挑選出一些有苗頭的化合物，進(jìn)行實(shí)驗(yàn)活性評(píng)價(jià)的一種方法，其目的是從幾十個(gè)乃至百萬(wàn)個(gè)分子中篩選出新的先導(dǎo)化合物。 從原理上來(lái)講，虛擬篩選可以分為兩類，即基于受體（Receptor-based virtual screening）的虛擬篩選和基于配體(ligand-based virtual screening)的虛擬篩選。 基于受體的虛擬篩選也稱為基于結(jié)構(gòu)的虛擬篩選，利用分子對(duì)接技術(shù)，基于受體的三維結(jié)構(gòu)，在結(jié)合位點(diǎn)處自動(dòng)的匹配化合物數(shù)據(jù)庫(kù)中的小分子，然后對(duì)可能的結(jié)合模式運(yùn)用基于分子力場(chǎng)的打分函數(shù)進(jìn)行結(jié)合能計(jì)算，最終得到化合物能量排名。 相對(duì)于基于配體的虛擬篩選，其優(yōu)勢(shì)是能避免活性化合物微小的結(jié)構(gòu)變化所引起的活性改變，但也存在一些不足： 1）最大的問(wèn)題就是打分函數(shù)的準(zhǔn)確性及適用性，一般考慮到計(jì)算速度，通常采用比較簡(jiǎn)單的打分函數(shù)，但簡(jiǎn)單的打分函數(shù)不能很好的考慮到較弱的相互作用； 2）基于受體的虛擬篩選需要受體結(jié)構(gòu)和指定結(jié)合位點(diǎn)，但許多重要的靶標(biāo)都沒(méi)有可用的受體結(jié)構(gòu)； 3）而且分子對(duì)接存在需要解決的問(wèn)題： 分子的柔性 熔化劑效應(yīng) 打分函數(shù) 基于配體的方法是依據(jù)結(jié)構(gòu)決定性質(zhì)原理，這類方法有： 1）藥效團(tuán)模型（pharmacophore modeling），是對(duì)一系列已知有活性的化合物進(jìn)行藥效團(tuán)研究，通過(guò)構(gòu)象分析、分子疊合等方法歸納得到對(duì)化合物活性起到關(guān)鍵作用的一些基團(tuán)的信息； 2）定量構(gòu)效關(guān)系(quantitative structure activity relationship ,QSAR)，是一種借助分子的理化性質(zhì)參數(shù)或結(jié)構(gòu)參數(shù)，以數(shù)學(xué)和統(tǒng)計(jì)學(xué)手段定量研究有機(jī)小分子和生物大分子相互作用，有機(jī)小分子在生物體內(nèi)吸收、分布、代謝、排泄等生理相關(guān)性質(zhì)的方法； 3）結(jié)構(gòu)相似性方法（structual similarity, SSIM）是通過(guò)各種描述符或指紋進(jìn)行相似性匹配，從而判斷化合物是否具有類似活性或治病機(jī)理。 作為分子對(duì)接的重要補(bǔ)充手段,基于配體的虛擬篩選具有速度快,通用性好（不受靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)限制）的優(yōu)點(diǎn)。 藥物篩選過(guò)程涉及化合物資源庫(kù)、虛擬篩選結(jié)果、實(shí)體篩選化合物的選取、實(shí)體篩選模型、實(shí)體篩選數(shù)據(jù)管理等。實(shí)體篩選包括分子水平、細(xì)胞水平、動(dòng)物水平等不同層次的篩選數(shù)據(jù)管理。篩選過(guò)后的大量數(shù)據(jù)如果管理不善，必定會(huì)制約中心藥物篩選的發(fā)展，也不利于后期的審計(jì)核查及數(shù)據(jù)分析。然而目前市場(chǎng)上的篩選軟件大多不具備數(shù)據(jù)管理這一項(xiàng)功能，難以滿足需求。 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 autodock |
» 猜你喜歡
26考研求調(diào)劑b區(qū)高校
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
081700一志愿211 276 四級(jí)已過(guò) 求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
320求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
070300化學(xué)求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
347求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
0831生醫(yī)工307分 求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
復(fù)試調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
一志愿哈工大材料 初試成績(jī)323
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
310 070300化學(xué)求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 將進(jìn)酒杯 的主題更新
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)，086000，生物與醫(yī)藥，求調(diào)劑 +3 | 12341234789 2026-03-08 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 求調(diào)劑！ +4 | 朔朔話 2026-03-09 | 4/200 |
|
|
[考研]
 295復(fù)試調(diào)劑
+5
|
簡(jiǎn)木ChuFront 2026-03-09 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0856材料與化工309分求調(diào)劑 +6 | ZyZy…… 2026-03-10 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求材料調(diào)劑 +5 | 隔壁陳先生 2026-03-12 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 308 085701 四六級(jí)已過(guò)求調(diào)劑 +7 | 溫喬喬喬喬 2026-03-12 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑0703 +4 | 啊我我的 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +3 | 小匕仔汁 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 程雨杭 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑，307分 +13 | 張泳銘1 2026-03-09 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 材料與化工 323 英一+數(shù)二+物化，一志愿：哈工大 本人本科雙一流 +3 | 自由的_飛翔 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +4 | 好運(yùn)連綿不絕 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0817化學(xué)工程319求調(diào)劑 +8 | lv945 2026-03-08 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 327分求調(diào)劑086 +4 | 西紅柿?小帥 2026-03-09 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 家人們 調(diào)劑不迷路 看這里 +8 | likeihood 2026-03-09 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 334求調(diào)劑 +5 | Trying] 2026-03-07 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 293一志愿華東理工 0817化學(xué)工程與技術(shù) 調(diào)劑 +5 | fjj0912 2026-03-07 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 材料與化工 280求調(diào)劑 +3 | Sanity蔣 2026-03-08 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，一志愿華中科大0702，數(shù)一英一，293 +4 | 小羅露一二 2026-03-07 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085701環(huán)境工程317分求調(diào)劑 +9 | 6汆尼9 2026-03-07 | 9/450 |
|