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youxx189

銅蟲(chóng) (小有名氣)

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[求助] 用ONIOM關(guān)鍵詞算吸收，請(qǐng)問(wèn)可以看分子軌道嗎？已有1人參與

用ONIOM關(guān)鍵詞算吸收，請(qǐng)問(wèn)可以看分子軌道嗎？得到的chk文件轉(zhuǎn)化成fchk文件會(huì)造成數(shù)據(jù)丟失，在Gaussview里無(wú)法打開(kāi)。

輸入文件：

%chk=packing1_guest_abs_ONIOM.chk
%nprocshared=20
%mem=12000MB
#p oniom(PBE1PBE/genecp td=(singlets,nstates=20,direct):uff)=embedcharge  test

absorption

0 1 0 1 0 1
C       26.8564499443,11.2974579201,22.535374973       L
C       26.4312706227,12.5897273583,22.1656391631    L
C       25.079756231,12.9545921491,22.2751903325       L
C       24.1694372817,11.9921553489,22.7275839214    L
C       24.5970630014,10.7317662379,23.1036871816    L
C       25.9390511173,10.3569276904,23.0333609336    L
H       27.8993300059,11.0327314821,22.4387729637    L
中間略到好多原子
C       33.1316875537,25.2458454493,20.5017776507    L
H       34.6438528841,23.5215656048,22.9626666632    L
H       34.5537458777,23.6020072384,20.5486274853    L
C       33.0912226367,25.4397359482,19.0253450849    L
O       33.7582638392,24.7213374764,18.3023322806    L
O       32.3461046073,26.4006128366,18.4698156726    L

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1樓 2020-06-21 14:58:44

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youxx189

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3樓: Originally posted by paramecium86 at 2020-06-22 12:03:37
如果你的chk文件本身很大比如說(shuō)上G大小了那轉(zhuǎn)換一般會(huì)內(nèi)存不夠用導(dǎo)致出錯(cuò)�？梢栽诃h(huán)境變量里加上 export GAUSS_MEMDEF=4000000000 把內(nèi)存調(diào)成可用4 GB應(yīng)該就能解決問(wèn)題。 TD計(jì)算chk文件中的分子軌道的信息就是基 ...

謝謝老師    我加了環(huán)境變量還是報(bào)錯(cuò)
[youxx@mu01 guest-abs]$ module unload gauss/g09d01
[youxx@mu01 guest-abs]$ module load gauss/g16a03
[youxx@mu01 guest-abs]$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000
[youxx@mu01 guest-abs]$ formchk packing1ONIOM_dimer1-2.chk
Read checkpoint file packing1ONIOM_dimer1-2.chk
Write formatted file packing1ONIOM_dimer1-2.fchk
Missing data for FChkPn.
Error termination via Lnk1e at Mon Jun 22 13:36:29 2020.
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 0000000002b377e0, rcx ffffffffffffffff
rdx 000000000001ef4c, rsp 00007ffe7319ed28, rbp 00007ffe7319ed80
rsi 000000000000000b, rdi 000000000001ef4c, r8  00002b4517b60ac0
r9  00002b4517b60ac0, r10 00007ffe7319e120, r11 0000000000000206
r12 000000000000000c, r13 0000000000000001, r14 0000000000000001
r15 0000000000000000
  /lib64/libpthread.so.0(+0xf6d0) [0x2b4517d366d0]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b451827b547]
  formchk() [0x497ec9]
  formchk() [0x46f560]
  formchk() [0x46b8af]
  formchk() [0x453755]
  formchk() [0x4516a8]
  formchk() [0x450af4]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b4518267445]
  formchk() [0x4509e9]
Aborted

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4樓2020-06-22 13:40:46

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wzhsun

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2樓2020-06-22 11:38:10

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paramecium86

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如果你的chk文件本身很大比如說(shuō)上G大小了那轉(zhuǎn)換一般會(huì)內(nèi)存不夠用導(dǎo)致出錯(cuò)�？梢栽诃h(huán)境變量里加上 export GAUSS_MEMDEF=4000000000 把內(nèi)存調(diào)成可用4 GB應(yīng)該就能解決問(wèn)題。 TD計(jì)算chk文件中的分子軌道的信息就是基態(tài)分子軌道的信息并沒(méi)有什么特殊之處

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3樓2020-06-22 12:03:37

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4樓: Originally posted by youxx189 at 2020-06-22 00:40:46
謝謝老師我加了環(huán)境變量還是報(bào)錯(cuò)
$ module unload gauss/g09d01
$ module load gauss/g16a03
$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000
$ formchk packing1ONIOM_dimer1-2.chk
Read checkpoint file packing1O ...

這種錯(cuò)誤一般要么是 1. formchk命令調(diào)用的版本不是當(dāng)前計(jì)算出chk的高斯使用的版本。必須完全一致才可以
2. chk文件本身有問(wèn)題。這個(gè)就再算一次單點(diǎn)能就可以了。td 的chk文件本身含有的波函數(shù)信息就是基態(tài)的，你重新計(jì)算一次單點(diǎn)能就可以不用重新算一次TD這樣省時(shí)間。
3. 高斯當(dāng)前的版本有bug，換個(gè)別的版本的高斯。

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5樓2020-06-22 14:02:45

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