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科爾夫斯基新蟲 (初入文壇)
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[交流]
想問一下老師：甲基化測序是否需要設(shè)置生物學(xué)重復(fù)？一般多少個(gè)合適呢？ 已有4人參與
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| 想問一下老師：甲基化測序是否需要設(shè)置生物學(xué)重復(fù)？一般多少個(gè)合適呢？ |
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hulqi
金蟲 (正式寫手)
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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曾經(jīng)有一篇文章討論過這個(gè)問題，主要觀點(diǎn)如下， 二代測序及基因芯片技術(shù)使得過去的十多年涌現(xiàn)出大量關(guān)于RNA-seq的研究。但似乎一些研究人員沒有注意到，基因表達(dá)的異質(zhì)性不僅僅是由技術(shù)誤差導(dǎo)致的�；虮磉_(dá)是一個(gè)相對(duì)隨機(jī)的過程，同一類型樣本中的不同個(gè)體，基因的表達(dá)可能會(huì)不一樣。一般來說，基因表達(dá)的異質(zhì)性（Var(Expr)）可以被分解為以下三個(gè)部分： Var(Expr) = Across Group Variability + Measurement Error + Biological Variability。 Across Group Variability即由于不同的處理或不同的細(xì)胞類型等導(dǎo)致的表達(dá)水平差異，即通常所說的組間差異。例如，腫瘤樣本與正常樣本之間的表達(dá)差異。 Measurement Error指實(shí)驗(yàn)或測序過程中的技術(shù)誤差。技術(shù)誤差會(huì)導(dǎo)致一定的基因表達(dá)異質(zhì)性，但其可以通過對(duì)同一樣本進(jìn)行多次實(shí)驗(yàn)/測序（即技術(shù)重復(fù)）來消除。 Biological Variability指同一分組的不同樣本之間的表達(dá)差異。即使排除掉Measurement Error，這種樣本間的表達(dá)差異也是存在的，即無法通過測序來消除Biological Variability。 在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中，如果關(guān)注的是組間差異（Across Group Variability），那么Measurement Error和Biological Variability就會(huì)成為影響分析結(jié)果的因素。 Measurement Error可以通過技術(shù)重復(fù)來消除，但是Biological Variability為何不能通過測序來消除。因此只要你關(guān)注組間差異，不論是哪種測序數(shù)據(jù)都需要重復(fù)樣本。具體關(guān)于甲基化的數(shù)據(jù)，你可以去檢索一下易基因的公眾號(hào)，他們專門做甲基化的，我記得里面有專門的文章解讀了需不需要重復(fù)的問題 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2020-06-28 12:31:02
2樓2020-06-17 00:52:42
fgh1124
鐵蟲 (初入文壇)
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3樓2020-06-19 09:04:21
zhuchun0102
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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請(qǐng)問如果實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組都是臨床樣本的混樣，設(shè)置兩個(gè)技術(shù)重復(fù)可行嗎？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
5樓2020-07-07 12:18:00
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