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使用MolAICal計(jì)算分子合成可行性預(yù)測、類藥五原則和PAINS的教程 已有2人參與
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使用MolAICal計(jì)算分子合成可行性預(yù)測、類藥五原則和PAINS的教程 更多教程（含英文教程）請見如下： MolAICal官方主頁：https://molaical.github.io MolAICal 文章介紹：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1. 簡介 在本教程中，我們將介紹藥物合成可行性預(yù)測，Lipinski's rule of five（里賓斯基五規(guī)則）和PAINS的計(jì)算方法。藥物可合成性（SA）可用于預(yù)測化合物的合成難度。里賓斯基五規(guī)則也被稱為類藥五原則（RO5），是一種用來估計(jì)類藥性或評估一種化合物是否具有藥理或生物活性的法則。PAINS全稱是Pan Assay Interference Compounds，指對大多數(shù)測試有干擾的化合物，PAINS大致分為兩類：對第一類來說，化合物在測試濃度下在溶液中形成膠體，蛋白被包裹在膠體中，底物因此無法接近酶的活性中心，因此這些化合物屬于假陽性化合物；對于第二類來說，這些化合物的活性基團(tuán)可以與蛋白受體形成共價(jià)作用，進(jìn)而導(dǎo)致受體受到抑制，但這種抑制很難逆轉(zhuǎn)，同時(shí)這些具有PAINS性質(zhì)的配體可以與大多數(shù)靶點(diǎn)發(fā)生反應(yīng)，缺乏特異性。如果藥物相關(guān)文章要投稿到Journal of Medicinal Chemistry等雜志，它們可能要求PAINS的計(jì)算，此時(shí)，可以使用MolAICal來計(jì)算PAINS。 2. 材料和工具 2.1. 軟件需求 MolAICal: https://molaical.github.io 2.2. 示例文件 所有需要的教程文件可以從以下鏈接下載 https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/009-SA_Ro5_Pains 3. 步驟 3.1. 可合成性（SA）預(yù)測計(jì)算 你可以通過分子的SMILES序列計(jì)算SA，使用如下命令： 或者你可以在一個(gè)包含許多SMILES序列的文件中計(jì)算配體的SA 注意：化合物SA的值越大，表明該化合物越易于合成。 3.2. 類藥五原則計(jì)算 單個(gè)配體的RO5計(jì)算如下 如果要計(jì)算多個(gè)配體的Lipinski's rule of five，可以按以下步驟進(jìn)行： 1. 在Linux的控制臺中使用命令 “l(fā)s > mol2List.dat”，或在Windows的DOS控制臺中使用命令“dir /b > mol2List.dat”。打開生成的文件“mol2List.dat”并且刪除所有無用的字符。確保文件“mol2List.dat” 只包含配體的名稱。 2. 執(zhí)行如下命令： 將會(huì)生成名為“result.dat”的文件，其中包含大量的RO5值。關(guān)于RO5的更多細(xì)節(jié)，請參閱MolAICal手冊。 3.3. PAINS計(jì)算 具有SMILES或mol2格式的單個(gè)配體可計(jì)算如下： 如果你想要計(jì)算多個(gè)配體的PAINS，可以執(zhí)行以下步驟： 對于SMILES格式： 對于Mol2格式： #> cd “009-SA_Ro5_Pains/pains/mol” 1. 在Linux控制窗口使用命令“l(fā)s > mol2List.dat”，或者在Windows的DOS窗口使用命令“dir /b > mol2List.dat”。打開生成的文件“mol2List.dat”并且刪除所有無用的字符。確保文件“mol2List.dat”中只包含配體的名稱。 2. 執(zhí)行如下命令： 將會(huì)生成名為“mol2Result.txt”的文件，其中包括所有配體的PAINS信息。 注意：建議使用SMILES格式進(jìn)行PAINS的計(jì)算。 |
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