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是辣辣新蟲 (初入文壇)
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[求助]
想請(qǐng)教一下關(guān)于噬菌體的生物信息學(xué)分析的問題 已有1人參與
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1.噬菌體進(jìn)化樹序列的篩選是用ncbi上blast出來的序列就可以達(dá)到建樹的目的了嗎，還是需要找其他菌屬的噬菌體序列一起構(gòu)建進(jìn)化樹，該怎么選擇？ 2.做噬菌體的比較基因組學(xué)，應(yīng)該選擇什么樣的序列去和目的噬菌體比較呢？ 對(duì)于這方面的知識(shí)還是菜鳥，希望大家?guī)蛶兔獯饉拜托了 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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我想回答第一個(gè)問題，但因?yàn)槲也皇茄芯炕蚪M學(xué)的，所以不能回答第二個(gè)問題。 用你自己的噬菌體序列在NCBI中BLAST得到的結(jié)果中，大多和你自己所研究的噬菌體親緣關(guān)系較近，可能皆為同屬甚至同種；所以如果想建立系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，還需要進(jìn)一步找到不同屬以及更高階元的噬菌體物種的同源片段序列；找序列可以參考相近研究文獻(xiàn)中所使用的物種序列號(hào)，這可以在文獻(xiàn)的樹圖或者后附的SI中找到。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2023-05-03 20:51:13
是辣辣
新蟲 (初入文壇)
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3樓2023-05-04 22:05:38
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