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atomrq

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[交流] LAMMPS vs. Hoomd/Galamost GPU版本效率測(cè)評(píng)的問(wèn)題已有6人參與

LAMMPS GPU效率測(cè)評(píng)問(wèn)題

個(gè)人對(duì)hoomd和galamost比較熟，最近用到lammps的一個(gè)模塊，因此編譯了lammps。
服務(wù)器搭載2080Ti顯卡，編譯了kokkos/cuda，lammps為github下載的最新版本。
測(cè)試體系為49000 LJ粒子，0.91的密度，rcut=2.5，fene bond標(biāo)準(zhǔn)參數(shù)，nvt系綜，T=1.0，dt=0.001，TPS (time per second) =1200。
程序運(yùn)行占用一個(gè)MPI進(jìn)程和一個(gè)OMP線程，加一塊GPU，運(yùn)行時(shí)GPU占用率82%，看起來(lái)一切正常。

然而，同一個(gè)機(jī)器上，用hoomd和galamost測(cè)試發(fā)現(xiàn)TPS至少5000，galamost調(diào)整一些細(xì)節(jié)參數(shù)，TPS可接近6000。對(duì)比之下，lammps gpu version 只有前者的20%的效率。
有沒(méi)有熟悉lammps gpu編譯，做過(guò)測(cè)評(píng)的�，F(xiàn)在我是找來(lái)找去，沒(méi)發(fā)現(xiàn)問(wèn)題出在哪兒。

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高分子材料分子動(dòng)力學(xué)模擬；軟物質(zhì)理論模擬

1樓 2022-04-05 13:20:45

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jluchemlib

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我之前使用lammps做GPU的測(cè)試，有些時(shí)候甚至比CPU作業(yè)還慢，在同樣CPU數(shù)量的情況下，而HOOMD，galamost甚至gromacs的GPU效率都很好

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liuliuHPC

2樓2022-04-11 22:57:06

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引用回帖:

2樓: Originally posted by jluchemlib at 2022-04-11 22:57:06
我之前使用lammps做GPU的測(cè)試，有些時(shí)候甚至比CPU作業(yè)還慢，在同樣CPU數(shù)量的情況下，而HOOMD，galamost甚至gromacs的GPU效率都很好

我這里用2080Ti with 一個(gè)4210R silver CPU線程測(cè)試LJ體系，速度和32線程的Gold 6130 效率類似，都是1100左右（LJ體系細(xì)節(jié)如上）。很奇怪，師兄說(shuō)18年測(cè)試過(guò)lammps的GPU版本，那時(shí)是一個(gè)獨(dú)立的lammps gpu版本，效率和gala差不多。但是現(xiàn)在怎么優(yōu)化/測(cè)試，結(jié)果都是只有g(shù)ala的1/5。
BTW, 看你的昵稱，from jlu?

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高分子材料分子動(dòng)力學(xué)模擬；軟物質(zhì)理論模擬

3樓2022-04-12 19:37:40

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匿名

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4樓2022-05-19 21:48:32

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liuliuHPC

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5樓2022-07-06 16:44:51

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太厲害了，lammps實(shí)在是太難了

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6樓2023-04-19 09:43:50

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引用回帖:

大佬有興趣做代算嗎？+微tjs7188私聊

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做計(jì)算的蟲(chóng)

7樓2023-11-09 16:40:38

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shizenan

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galamost用起來(lái)對(duì)比gromacs又有什么優(yōu)勢(shì)嗎

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8樓2024-01-04 16:21:45

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