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kaixinbobo銅蟲 (初入文壇)
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真核轉(zhuǎn)錄組測序
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| 想要做真菌的有參轉(zhuǎn)錄組測序，已經(jīng)做了該菌基因組的de nove的二三代聯(lián)用測序。但是有點不太明白，轉(zhuǎn)錄組測序平臺使用的是二代測序平臺，那基因組做三代測序有什么意義嗎？ |
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kaixinbobo2樓2020-09-24 16:21:12
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3樓2020-09-24 17:02:11
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我覺得你的描述中涉及到兩個不太相關(guān)的問題，不應(yīng)該兩個問題混在一起討論。1）二代+三代基因組測序是一個問題，二三代一起測，可以更好的assemble一個參考基因組。因為二代測序很準(zhǔn)，但由于太短（最長一般也就2*250bp左右），很難解決基因組中的重復(fù)區(qū)域的assemble。三代測序雖然錯誤率比較高，但測序比較長，在assemble過程中可以起到指向標(biāo)的作用，幫助解決重復(fù)區(qū)域拼接的問題。2）轉(zhuǎn)錄組測序可以用二代或三代，但轉(zhuǎn)錄本一般沒有那么長（三代可以到1Mb以上），且三代的錯誤率比較高。因此目前一般用二代測序轉(zhuǎn)錄組。后續(xù)分析可以用常規(guī)流程：表達(dá)量定量、差異表達(dá)基因?qū)ふ摇⒐δ芨患�、網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建等。 |
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4樓2020-09-25 09:09:07
kaixinbobo
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5樓2020-09-25 15:21:20
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6樓2020-09-25 15:58:04
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