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使用MolAICal快速進(jìn)行從頭藥物設(shè)計 已有1人參與
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使用MolAICal快速進(jìn)行從頭藥物設(shè)計 更多教程（含英文教程）請見如下： MolAICal官方主頁：https://molaical.github.io MolAICal 文章介紹：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 簡介 本教程選擇Mpro作為研究實例來介紹MolAICal從頭藥物設(shè)計的功能。Mpro的晶體結(jié)構(gòu)已經(jīng)被科學(xué)家解析出來 (PDB ID: 6LU7, 6Y2F, etc)（如圖1所示），具體實例可以參考：https://molaical.github.io/quickstart.html 圖1. 蛋白受體mpro的結(jié)構(gòu) 工具 1. 所需軟件下載地址 1) MolAICal: https://molaical.github.io 2) UCSF Chimera: https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ 請確保軟件的正確安裝。 2. 示例文件 軟件操作教程中示例文件下載地址如下： https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/000-quickStart 操作流程 1. 下載并打開教程文件“InputParFile.dat”文件, 本教程需要對四個參數(shù)進(jìn)行修改，修改內(nèi)容如下: ------------------------------------------------------------------------------------------ receptorPDB mproNolig.pdb startFragFile startFrag.mol2 centerPoints -10.733 12.416 68.829 boxLengthXYZ 30.0 30.0 30.0 ------------------------------------------------------------------------------------------- 將“receptorPDB” 設(shè)置為無配體結(jié)合的Mpro結(jié)構(gòu)文件。將“startFragFile”設(shè)置為初始片段。“centerPoints”和“boxLengthXYZ” 分別代表盒子中心和長度。 2. 下載并打開教程文件夾“000-quickStart”, 運行如下命令: 結(jié)果 計算結(jié)果保存在名為“001-AIGrow/results”的文件夾中。“AstatisticsFile.dat”文件記錄了所設(shè)計配體的contain ID, Name, Cluster, Affinity, Formula, InChIKey等信息。此文件只是對結(jié)果的一個簡單演示，不含完整運算結(jié)果。完整結(jié)果可以在所有運算結(jié)束后獲得。打開蛋白受體的配體N3晶體結(jié)構(gòu)文件ligand.mol2，及軟件生成的配體結(jié)構(gòu)文件lig_11.mol2，如圖2所示: 圖2. 軟件設(shè)計的Mpro配體結(jié)構(gòu)（白色）和Mpro抑制劑N3的晶體結(jié)構(gòu)（紅色） |
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