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| 【懸賞金幣】回答本帖問(wèn)題,作者wangyinran將贈(zèng)送您 100 個(gè)金幣 | |||
wangyinran金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
求助單茂金屬配合物的過(guò)渡態(tài),茂環(huán)不旋轉(zhuǎn)的問(wèn)題 已有1人參與
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尋找烯烴配位到單茂金屬配合物上的過(guò)渡態(tài),由于茂環(huán)不是對(duì)稱(chēng)的,環(huán)戊二烯上取代了四個(gè)甲基和一個(gè)三甲基硅基,我在尋找過(guò)渡態(tài)時(shí),看優(yōu)化過(guò)程發(fā)現(xiàn)茂環(huán)并沒(méi)有沿著茂環(huán)中點(diǎn)與中心金屬的連線轉(zhuǎn)動(dòng),盡管這樣找出來(lái)的過(guò)渡態(tài)的振動(dòng)方向和IRC都符合預(yù)期。但茂環(huán)的位置會(huì)影像能量計(jì)算,怎樣才能找到最低點(diǎn)呢? 輸入文件和輸出文件已經(jīng)提供。 求解該如何應(yīng)對(duì)? |
版主 (著名寫(xiě)手)
| 原理上來(lái)說(shuō) IRC曲線是沿著反應(yīng)方向維度的勢(shì)能曲線。而在其它坐標(biāo)維度上應(yīng)該就是最低點(diǎn),既然曲線上不發(fā)生旋轉(zhuǎn),很大可能就是本來(lái)就是處于最穩(wěn)定的位置了。你可以對(duì)當(dāng)前的過(guò)渡態(tài)的結(jié)構(gòu)做一個(gè)剛性?huà)呙杩纯。人為的旋轉(zhuǎn)一下那個(gè)環(huán) 算算不同結(jié)構(gòu)下的單點(diǎn)能 看看能量怎么變化。 |
金蟲(chóng) (小有名氣)
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人為旋轉(zhuǎn)過(guò),能量確實(shí)有變化。具體為向左旋轉(zhuǎn)90度,再計(jì)算過(guò)渡態(tài),發(fā)現(xiàn)優(yōu)化過(guò)程中茂環(huán)沒(méi)有旋轉(zhuǎn),位阻會(huì)導(dǎo)致茂環(huán)上的取代基鍵角變化,能量增加了1.5kcal/mol。其他角度還沒(méi)試。我不想人為地去一點(diǎn)點(diǎn)的調(diào)角度。 如何確定最低點(diǎn)?當(dāng)前無(wú)法做剛性?huà)呙,是因(yàn)樾枰诿h(huán)中心設(shè)置一個(gè)虛原子,保存為內(nèi)坐標(biāo)后無(wú)法找到對(duì)應(yīng)的二面角,在atom list里也無(wú)法將虛原子添加到我想要的二面角里。 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
版主 (著名寫(xiě)手)
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