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虛擬？現(xiàn)實(shí)

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[交流] phonopy安裝步驟已有4人參與

phonopy安裝：
參考：http://m.gaoyang168.com/html/201611/10848643_2.html
第一步：準(zhǔn)備文件
1、python-3.6  (https://www.python.org/downloads/source/)
2、numpy-1.11.2  (http://www.scipy.org/scipylib/download.html)
3、lxml-3.6.4  (http://lxml.de/)
4.matplotlib1.3.1(https://sourceforge.net/projects ... b/matplotlib-1.3.1/ )
5、PyYAML-3.12  (http://pyyaml.org/)
6、phonopy-1.11.0 (https://sourceforge.net/projects/phonopy/)
第二步：安裝Python-3.6.0b3.tar.xz
       tar xvf Python-3.6.0b3.tar.xz
       cd Python-3.6
       ./configure --prefix= /home/…/phonopy/Python-3.6/build
（在python解壓目錄事先新建build目錄，省略部分根據(jù)每個(gè)人電腦而定）
make
make install
設(shè)置環(huán)境變量
vi  ~/.bashrc
在.bashrc文件末尾加入：
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:注意這是python解壓路徑（以下同理）/build/lib
export PATH=$PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/bin
export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6:$PATH
       source  ~/.bashrc
測(cè)試
命令行輸入python3.6（不一定是python3.6, 也可以是python），若成功會(huì)出現(xiàn)（避免和系統(tǒng)自帶/usr/bin混淆）
Python 3.6.0b3 (default, Nov  6 2016, 02:12:05)
[GCC 4.9.3] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>（以后出現(xiàn)&quot都代表“”，換成引號(hào)）
第三步：安裝numpy-1.11.2.tar.gz
tar xzvf numpy-1.11.2.tar.gz
cd numpy-1.11.2
cp site.cfg.example site.cfg
vi site.cfg：
修改以下文件中如下所示部分：
# [mkl]
# library_dirs = /opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/32/
# lapack_libs = mkl_lapack
# mkl_libs = mkl, guide
注意：mkl前面的注釋一定要去掉，此外，左端不能留空格。
修改為如下所示（根據(jù)實(shí)際情況修改）：
[mkl]
library_dirs = /opt/intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64（找到intel編譯器安裝位置： /../intel/composer_xe_2015/mkl/lib/intel64，以下同理，我的是2015版本）
include_dirs = /../opt/intel/composer_xe_2015/mkl/include
以下兩行不用修改：
lapack_libs = mkl_lapack95_lp64

mkl_libs=mkl_def,mkl_intel_lp64,mkl_intel_thread,mkl_core,guide,iomp5
（最后一行逗號(hào)為英文輸入法下面的）
       python3.6 setup.py build --help-fcompiler  查看下可用的編譯器，結(jié)果發(fā)現(xiàn)--fcompiler=intelem可用
       python3.6 setup.py build --fcompiler=intelem
    python3.6 setup.py install --home=Python3.6解壓目錄/pymodule  (--home 是可以自己選擇安裝目錄，=后的路徑即是所要安裝的目錄，以下五個(gè)包的安裝目錄都可以自己選擇，)
（pymodule是自己在python解壓目錄下新建的numpy安裝目錄）
       vi  ~/.bashrc 添加下面內(nèi)容：
PYTHONPATH=”${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib/python”;(找到numpy對(duì)應(yīng)的安裝目錄下的/lib/python，以下同理,比如我選擇的安裝目錄：
   (/workfs/cac/zhangchao/soft/phonopy/numpy1.5.1/lib/python)
（這段命令：
${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib/python寫進(jìn)引號(hào)里，后加不加；都行）

export PYTHONPATH

export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/bin:$PATH

export PYTHONPATH=/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib/python
       source  ~/.bashrc
讓python知道到哪里去找模塊
       測(cè)試python是否能夠調(diào)用numpy：
       cd .. (退出 numpy的目錄之后再測(cè)試numpy）
這一步一定要做，不然會(huì)出錯(cuò)， ImportError: Error importing numpy.
       輸入：python3.6 進(jìn)入python界面
import numpy  (以下的安裝都是這樣測(cè)試)
執(zhí)行 numpy 看是否出錯(cuò)

Python 3.2.3 (default, Mar 16 2019, 17:11:51)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-18)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
>>>

出現(xiàn)以上情況即是成功了。

第四步：安裝lxml-3.6.4.tgz
       tar xzvf lxml-3.6.4.tgz
       cd lxml-3.6.4
       vi  ~/.bashrc 添加下面內(nèi)容：
PYTHONPATH=”;${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/lxml/lib/python&quot”
（lxml是自己在python解壓目錄下新建的lxml安裝目錄）
       source  ~/.bashrc
       python3.6 setup.py install --home=選擇的lxml的安裝目錄

第五步：安裝matplotlib-1.5.0.tar.gz
       tar xzvf matplotlib-1.5.0.tar.gz
       cd matplotlib-1.5.0
       vi  ~/.bashrc 添加下面內(nèi)容：
PYTHONPATH=” ${PYTHONPATH}:/../matplotlib /lib/python&quot”
（matplotlib是matplotlib安裝目錄）
       source  ~/.bashrc
       python3.6 setup.py install --home=Python3.6解壓目錄/ matplotlib
這一步容易出問題，可能需要很多組件，比如distribution，h5py，setuptools等，根據(jù)你出錯(cuò)的內(nèi)容自己添加必要的組件，一般直接百度相關(guān)的組件下載就行，安裝方式一樣，解壓后使用命令：python（根據(jù)你安裝的能調(diào)出python的命令，我的是python，我參考的網(wǎng)站是python3.6，以上及以下的出現(xiàn)python3.6都是這種情況） setup.py install就行
可參考：https://blog.csdn.net/dream_it_life/article/details/78780820，當(dāng)然可能不止這些組件，自己搜素。
第六步：安裝PyYAML-3.12.tar.gz
       tar xzvf PyYAML-3.12.tar.gz
       cd PyYAML-3.12
       vi  ~/.bashrc 添加下面內(nèi)容：
PYTHONPATH=”${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pyyaml/lib
/python&quot”
（pyyaml是自己在python解壓目錄下新建的pyyaml安裝目錄）
       source  ~/.bashrc
       python3.6 setup.py test
       python3.6 setup.py install --home=Python3.6解壓目錄/pyyaml
這一步的測(cè)試不是import pyyaml 而是：--home=后的安裝目錄/lib/python 之后出現(xiàn)的文件名（其他的也是這樣），我的是yaml。
所以使用的命令是：import yaml

第七步：安裝phonopy-1.11.0.tar.gz
       tar xzvf phonopy-1.11.0.tar.gz
       cd phonopy-1.11.0
       python3.6 setup.py install
       把/home/…/phonopy/phonopy-1.11.0/build/scripts-3.6的phonopy（這個(gè)是解壓目錄）拷貝到usr/bin（這個(gè)是安裝路徑下的/bin，我的是/workfs/cac/zhangchao/soft/phonopy/Phonopy/bin）
測(cè)試：
在安裝目錄的bin下運(yùn)行phonopy(我的是/workfs/cac/zhangchao/soft/phonopy/Phonopy/bin)
命令是： ./phonopy
出現(xiàn)以下情況即是成功
   _
  _ __ | |__ ___  _ __ ___ _ __  _ _
| '_ \| '_ \ / _ \| '_ \ / _ \ | '_ \| | | |
| |_) | | | | (_) | | | | (_) || |_) | |_| |
| .__/|_| |_|\___/|_| |_|\___(_) .__/ \__, |
|_|                         |_| |___/
                                    1.11.2

Crystal structure file of POSCAR (default file name) could not be found.
  ___ _ __ _ __ ___  _ __
/ _ \ '__| '__/ _ \| '__|
|  __/ |  | | | (_) | |
\___|_|  |_|  \___/|_|

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有點(diǎn)沒看懂你安裝phonopy的步驟里（第7步）那個(gè)bin目錄到底是哪一個(gè)？如果用~表示根目錄，Den表示我自己的文件夾的話，這個(gè)“安裝路徑”是怎樣表示的？我在公共的服務(wù)器上運(yùn)算，好多人共享的，我不想把軟件裝到大家共用的文件夾下面，可以自己建文件夾嗎？

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5樓2020-01-08 20:18:33

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5樓: Originally posted by denbaiyang at 2020-01-08 20:18:33
有點(diǎn)沒看懂你安裝phonopy的步驟里（第7步）那個(gè)bin目錄到底是哪一個(gè)？如果用~表示根目錄，Den表示我自己的文件夾的話，這個(gè)“安裝路徑”是怎樣表示的？我在公共的服務(wù)器上運(yùn)算，好多人共享的，我不想把軟件裝到大家 ...

而且裝好的phonopy軟件的根目錄下也沒有找到一個(gè)叫bin的文件夾，要自己創(chuàng)建一個(gè)嗎？usr/bin又是哪個(gè)文件夾？

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6樓2020-01-08 20:35:50

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那幾個(gè)文件能否共享一下，謝謝，

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7樓2021-01-27 20:35:38

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