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zzyuss鐵桿木蟲 (知名作家)
抗旱救災委員會名譽會長
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[求助]
求助Gaussian09計算HOMO-LUMO 和 三重態(tài),單重態(tài) △E ST 已有1人參與
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各位蟲友，本人gaussian計算小白，最近嘗試用gaussian09計算一個化合物單體的homo-lumo，單線態(tài)能級分布，三線態(tài)能級分布，以及系間竄越的能差Δes╟t值。在此基礎(chǔ)上繼續(xù)進行這個化合物單體聚集形成二聚體、三聚體以及四聚體的homo-lumo，單線態(tài)能級分布，三線態(tài)能級分布，以及系間竄越的能差Δes╟t值。化合物單體含有一個碘代季銨鹽，請問大家該如何進行計算？大概的步驟是什么？有沒有大神能幫個忙��？有償?shù)模?br />
另外，我的化合物單體能夠形成70個有效相干長度的聚集體，請問各位能不能計算70個聚集體的homo-lumo，單線態(tài)能級分布，三線態(tài)能級分布，以及系間竄越的能差Δes╟t值呢？ [ Last edited by paramecium86 on 2020-8-10 at 16:26 ] |
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paramecium86
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【答案】應助回帖
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感謝參與，應助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+10 2020-08-11 15:03:27
zzyuss: 金幣+1000, ★★★★★最佳答案, 非常有幫助，謝謝！另外，我想問一個問題，就是我的二聚體、三聚體、四聚體都是非共價相互作用聚集到一起的，我想知道的是怎么在高斯里導入這種非共價相互作用結(jié)合的分子，并且可以拿來計算優(yōu)化？ 2020-08-11 15:13:20
感謝參與，應助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+10 2020-08-11 15:03:27
zzyuss: 金幣+1000, ★★★★★最佳答案, 非常有幫助，謝謝！另外，我想問一個問題，就是我的二聚體、三聚體、四聚體都是非共價相互作用聚集到一起的，我想知道的是怎么在高斯里導入這種非共價相互作用結(jié)合的分子，并且可以拿來計算優(yōu)化？ 2020-08-11 15:13:20
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首先高斯一般情況下（20-40核心左右的服務(wù)器，linux版的高斯）用普通dft搭配最最保底的基組對于基態(tài)結(jié)構(gòu)的優(yōu)化，最多可以算300-400個原子數(shù)目的體系。所以看你體系的原子數(shù)目可以大概判斷出能不能算得了。而且因為可能要涉及到了激發(fā)態(tài)的優(yōu)化，這樣的話200個原子以上就基本算不動了。所以70個分子聚在一起是肯定算不動的。 單體如果比較大可能連四聚體都不那么好算。畢竟聚在一起多了可能還有不同的構(gòu)型。 以下是計算的簡單過程，我默認樓主知道如何用高斯進行，幾何優(yōu)化計算， 并且知道dft， tddft都是什么。知道激發(fā)態(tài)是什么。如果這些都不知道的話，最好先去入門一下。（具體如何入門該看什么資料。見我這個教程前三頁http://m.gaoyang168.com/t-14242735-1） 就單體而言，計算homo-lumo軌道其實就是對這個分子的基態(tài)進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化之后，就可以查看所有分子軌道的信息了，包括各個軌道的能量或者要作圖也可以看分子軌道的等值面圖�；蛘呖赡苓�涉及到homo-lumo軌道重合度分析。就都是這一步就可以完成。 至于系間竄越就涉及到了激發(fā)態(tài)計算�，F(xiàn)在比較流行的方法就是tddft了。（簡單的介紹可看http://m.gaoyang168.com/t-14242735-1教程第1.5.1節(jié)和1.5.4 節(jié)推薦的幾篇博文。） 而涉及到系間竄越的速率k isc 一般用Marcus公式來計算竄越速率什么的。這個公式里的 △E ST 一般要用到垂直能量差（如果是TADF之類的要計算反系間竄越 k risc 有時候要用到絕熱能量差） 垂直能差計算比較容易 大體步驟就是 優(yōu)化好分子的基態(tài)S0結(jié)構(gòu)之后。用優(yōu)化好的結(jié)構(gòu)計算tddft(50-50) 關(guān)鍵詞來計算基態(tài)結(jié)構(gòu)下的各個單重和三重激發(fā)態(tài)的能量。把S1 T1能量作差就是 垂直 △E ST 。在這個計算中因為無論哪個激發(fā)態(tài)，都是基于基態(tài)的結(jié)構(gòu)，它們結(jié)構(gòu)相同，所以叫做垂直能量差。 而絕熱能差，既然叫做絕熱，就需要 對S1 和 T1 分別都進行幾何優(yōu)化（顯然S1 和 T1的最穩(wěn)定結(jié)構(gòu)肯定不一樣）。這樣S1 和T1 各自都處于不同結(jié)構(gòu)下，這樣計算出來的能量差就叫絕熱能量差。 對S1 的優(yōu)化可以使用 tddft opt 關(guān)鍵詞進行優(yōu)化。計算完成后可以得到s1的電子能。（用tddft計算后得到的激發(fā)態(tài)的電子能如何尋找請看我這個教程http://m.gaoyang168.com/t-14242735-1最后一頁） 對T1的優(yōu)化同樣可以使用tddft(triplet) opt來進行優(yōu)化。計算完成后也可以得到t1的電子能。二者相減就是 絕熱能量差。 對于二聚體 三聚體 四聚體 計算方法基本一樣。只是聚在一起可能會有不同構(gòu)型。只要順利找到優(yōu)化出最穩(wěn)定的構(gòu)型。剩下的步驟就都一樣。 |
6樓2020-08-11 00:22:45
zzyuss2樓2020-08-10 18:49:00
3樓2020-08-10 18:49:51
zzyuss
鐵桿木蟲 (知名作家)
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4樓2020-08-10 21:27:05
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