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HJieY新蟲(chóng) (初入文壇)
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MD simulation之后處理ovito中遇到的問(wèn)題
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前輩們，朋友們： 你們好！ 我的研究方向是采用分子動(dòng)力學(xué)模擬硬脆性材料在納米加工中的材料去除機(jī)理及變形行為。最近在采用ovito嘗試對(duì)模擬結(jié)果進(jìn)行后處理時(shí)，出現(xiàn)了一些問(wèn)題不知如何解決，特別希望熱心的蟲(chóng)友可以為我釋惑。問(wèn)題如下： 1、在ovito中進(jìn)行配位數(shù)分析，在視覺(jué)效果上感覺(jué)配位數(shù)設(shè)置無(wú)誤后（截?cái)喟霃轿以O(shè)置為稍大于鍵長(zhǎng)）， 進(jìn)行成鍵時(shí)卻發(fā)現(xiàn)配位數(shù)與中心原子的鍵數(shù)十分不一致，如5配位原子的中心原子鍵數(shù)應(yīng)為5才對(duì)，但鍵數(shù)卻表現(xiàn)的極為任意（0~5個(gè)），原子間沒(méi)有鍵居多，成5鍵的原子幾乎沒(méi)有，真的很奇怪； 2、在SiC材料中，在Si原子和C原子成鍵時(shí)，C原子和C原子、Si原子和Si原子之間是否會(huì)成鍵呢？ 先行感謝致力于研究的你們，盼解惑！ 一個(gè)在分子動(dòng)力學(xué)上處于迷茫的人兒 |
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4樓2021-07-28 17:10:42
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2樓2021-07-27 19:12:15
HJieY
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送紅花一朵 |
前輩， 你好！ 我量過(guò)原子間距，未成鍵的原子基本都是由于原子間距大于截?cái)喟霃�；我在生成鍵之前，將顯示效果設(shè)置為只顯示5配位原子，哦，怪不得，原來(lái)是這樣，5配位原子不一定非要和5配位原子才能成鍵。 前輩我提的第二個(gè)問(wèn)題其實(shí)是針對(duì)SiC的徑向分布函數(shù)來(lái)說(shuō)的，RDF中的橫坐標(biāo)（原子間距）應(yīng)該是哪種鍵的長(zhǎng)度呢？是Si-C,Si-Si還是C-C呢？RDF圖我是這么做的，首先進(jìn)行配位數(shù)分析（根據(jù)鍵長(zhǎng)設(shè)置為2.5埃），根據(jù)配位數(shù)著色（配位數(shù)范圍3-7），然后通過(guò)表達(dá)式選取單個(gè)配位數(shù)（如配位數(shù)為5）的原子群，再次進(jìn)行配位數(shù)分析，設(shè)置截?cái)喟霃綖?埃，得到RDF；但是我所生成的單配位數(shù)徑向分布函數(shù)峰值與我所讀論文中的相比，直接打了3個(gè)數(shù)量級(jí)，我有點(diǎn)犯傻了，難道是我生成RDF的方法不正確嗎？ 十分期待您的回復(fù)！ 迷茫蟲(chóng)友 |
3樓2021-07-28 09:02:30
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前輩， 您好： 我看過(guò)的論文中確實(shí)展示出了單個(gè)配位數(shù)的RDF和ADF，但是沒(méi)有提示是怎么做出來(lái)的，其實(shí)我自己做的徑向分布函數(shù)是自己想出來(lái)的。 前兩個(gè)圖是我讀到的論文中的插圖，最后一個(gè)是我自己按自己的想法做出的圖，但是，與論文中的RDF的峰值相差了好幾個(gè)數(shù)量級(jí)，不知是怎么回事？ 附件中的圖片分別就是4配位原子和6配位原子的RDF和ADF,而Si-I、Si-II、、Si-III、Si-XII、Si-XIII是單晶Si在切削過(guò)程中所演變出的不同晶相結(jié)構(gòu)，圖中虛線分別是各種標(biāo)準(zhǔn)晶相所對(duì)應(yīng)的RDF位置。 十分期待您的回復(fù)！ 1.jpg 2.jpg 3.jpg |
5樓2021-07-29 09:11:20
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