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石辰風(fēng)

鐵蟲(chóng) (小有名氣)

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[求助] 請(qǐng)問(wèn)大家動(dòng)物的線粒體基因組是怎么提取測(cè)序的？已有2人參與

是提取出總DNA然后用很多引物一段段擴(kuò)增后測(cè)序組裝還是說(shuō)有專(zhuān)門(mén)的線粒體基因組提取的試劑盒可以直接提取出來(lái)線粒體然后測(cè)序？

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1樓 2022-06-08 13:41:51

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石辰風(fēng)

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現(xiàn)在的理解是不是擴(kuò)增出動(dòng)物線粒體基因組上的幾個(gè)片段，比如說(shuō)COI、nad4等，然后再根據(jù)它們的序列設(shè)計(jì)引物收尾相連，組成一個(gè)circle得到線粒體基因組？

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2樓2022-06-08 14:22:21

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石辰風(fēng)

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我的這個(gè)線粒體基因組是14kb左右，是不是可以擴(kuò)增出COI序列，然后根據(jù)COI序列的首尾設(shè)計(jì)引物，用PCR長(zhǎng)擴(kuò)增試劑盒擴(kuò)增其余的環(huán)狀序列，然后用超聲打碎擴(kuò)增產(chǎn)物，進(jìn)行末端修復(fù)，然后純化，再在表達(dá)載體上克隆，最后菌落測(cè)序獲得序列，再進(jìn)行組裝、注釋?zhuān)?

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3樓2022-06-08 14:58:35

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W_YinShi

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測(cè)序公司，低溫送生物樣品或DNA樣品，二代測(cè)序，自己組裝注釋或者公司組裝注釋?zhuān)瑫r(shí)間周期長(zhǎng)，價(jià)格較高

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4樓2022-06-08 20:01:39

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4樓: Originally posted by W_YinShi at 2022-06-08 20:01:39
測(cè)序公司，低溫送生物樣品或DNA樣品，二代測(cè)序，自己組裝注釋或者公司組裝注釋?zhuān)瑫r(shí)間周期長(zhǎng)，價(jià)格較高

我看論文里都沒(méi)寫(xiě)此部分送XXX公司完成，以為是在最后一步把mtDNA送去測(cè)序的，晚上查了一下發(fā)現(xiàn)好像只要提取出DNA送到公司他們就可以提取組裝注釋好了對(duì)吧？不知道一個(gè)樣品大概多少錢(qián)？14kb左右的mtDNA

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5樓2022-06-09 09:31:13

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山舞銀蛇

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2樓: Originally posted by 石辰風(fēng) at 2022-06-08 14:22:21
現(xiàn)在的理解是不是擴(kuò)增出動(dòng)物線粒體基因組上的幾個(gè)片段，比如說(shuō)COI、nad4等，然后再根據(jù)它們的序列設(shè)計(jì)引物收尾相連，組成一個(gè)circle得到線粒體基因組？

我以前這么測(cè)的，找相近物種，設(shè)計(jì)若干對(duì)引物，測(cè)序，拼接

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核酸提取與Taqman診斷

6樓2022-06-30 08:43:00

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現(xiàn)在知道了，線粒體和葉綠體不是單獨(dú)提取出來(lái)測(cè)序的，是用二代測(cè)序的技術(shù)測(cè)基因組DNA，通過(guò)組裝注釋得到的。以前我不理解二代測(cè)序與sanger測(cè)序，以為測(cè)序都需要引物擴(kuò)增，但是二代測(cè)序的技術(shù)是把基因組打斷成小片段再組裝，由于線粒體與葉綠體在動(dòng)植物體內(nèi)拷貝數(shù)比較多，所以直接組裝比較容易得到

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7樓2022-07-18 10:28:15

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

7樓: Originally posted by 石辰風(fēng) at 2022-07-18 10:28:15
現(xiàn)在知道了，線粒體和葉綠體不是單獨(dú)提取出來(lái)測(cè)序的，是用二代測(cè)序的技術(shù)測(cè)基因組DNA，通過(guò)組裝注釋得到的。以前我不理解二代測(cè)序與sanger測(cè)序，以為測(cè)序都需要引物擴(kuò)增，但是二代測(cè)序的技術(shù)是把基因組打斷成小片段 ...

sanger測(cè)也不難，線粒體、葉綠體都是環(huán)狀

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核酸提取與Taqman診斷

8樓2022-08-09 15:53:08

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