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yee~新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
酶的保守序列會(huì)因?yàn)橥饨缒撤N因素發(fā)生改變嗎？ 已有1人參與
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本人最近在探究一種酶，但是這酶和現(xiàn)一種已知酶，序列極其相似，但是保守序列出有些不同。想著，這兩個(gè)會(huì)不會(huì)就是同一個(gè)酶，而因?yàn)橥饨缒撤N因素，但是其保守序列改變。對(duì)生物不是很懂，望大佬指教！ @gyesang 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶端 |
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fuyuandj86
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2樓2021-06-17 11:11:58
原海亮
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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通過(guò)信息學(xué)的比對(duì)，給未知基因或蛋白的功能研究提供參考，這是常用的思路，其實(shí)重要的是如何去驗(yàn)證你的猜想。 你目前在研究的酶已經(jīng)有很多研究文獻(xiàn)了么？保守序列是如何確定的（一般是同家族的蛋白有一部分序列高度穩(wěn)定）？與已知酶序列同源性有多高？等等 如果想驗(yàn)證兩個(gè)酶在進(jìn)化上是否有相關(guān)性，一方面可以通過(guò)信息學(xué)進(jìn)行比對(duì)分析建立進(jìn)化樹(shù)。另一方面可以從功能學(xué)方面去驗(yàn)證兩個(gè)酶是否有相似的功能。最后，也應(yīng)考慮不同酶的來(lái)源，宿主的生存環(huán)境，代謝途徑等等，來(lái)為你的猜想提供數(shù)據(jù)支持，從而驗(yàn)證猜想。 祝好！ |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
3樓2021-06-18 10:04:41
yee~
新蟲(chóng) (小有名氣)
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送紅花一朵 |
這不是特別懂，應(yīng)該屬于旁系。兩者是這樣的，A(發(fā)現(xiàn)的新酶)屬于B（已知酶）家族。兩者序列對(duì)比，功能保守序列有明顯不同，包括結(jié)合位點(diǎn)的，活性中心的還有質(zhì)子通道的。但是這個(gè)新發(fā)現(xiàn)的基因片段都是由群落里做PCR篩選和宏基因組分析獲得的，沒(méi)有純菌株。然后猜想會(huì)不會(huì)是由于周圍環(huán)境影響，導(dǎo)致B保守序列的改變形成了A。 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶端 |
4樓2021-06-19 08:52:57
yee~
新蟲(chóng) (小有名氣)
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送紅花一朵 |
您好，謝謝您的回答！ 現(xiàn)在這個(gè)的文獻(xiàn)不是很多，大多都是通過(guò)群落中PCR篩選和宏基因組分析，發(fā)現(xiàn)這個(gè)新的基因片段，有進(jìn)行序列對(duì)比，兩者相似度高，但又有明顯不同，功能保守序列活性中心，結(jié)合位點(diǎn)以及質(zhì)子通道氨基酸替換。沒(méi)有純菌，這種情況往后應(yīng)該怎么分析。 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶端 |
5樓2021-06-19 09:00:40
原海亮
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【答案】應(yīng)助回帖
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你可以查閱一下已知酶的研究資料，了解一下已知酶從發(fā)現(xiàn)到功能研究的實(shí)驗(yàn)策略，比如酶蛋白是否可以異源表達(dá)，使用原核系統(tǒng)還是真核系統(tǒng)，酶蛋白的驗(yàn)證方法是什么，酶活力的測(cè)定方法有哪些等等。 研究宏基因組里篩選獲得的基因，你可以通過(guò)異源表達(dá)的方式將該基因克隆至合適宿主，通過(guò)對(duì)該未知酶的表達(dá)、功能驗(yàn)證（可參考已知酶的研究方法）來(lái)確定所謂的保守序列的變化，是否影響或改變了酶的功能及活性，從而給未知酶的研究提供一些數(shù)據(jù)。 |
6樓2021-06-21 08:53:03
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