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木冰天化新蟲 (正式寫手)
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[求助]
VASP計(jì)算E-V曲線腳本求助 已有1人參與
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我用深圳超算，其腳本如下，我想在計(jì)算E-V曲線，在此腳本中加入for循環(huán)，請(qǐng)問該如何添加，添加部分如下所示，嘗試過添加，但是最后OUTCAR中只有a=2.8時(shí)的結(jié)果 ，請(qǐng)問各位大神，此腳本該這么書寫？感謝感謝 1，腳本 VASP=/home-yg/Soft/Vasp5.4/vasp_std source /home-yg/env/intel-12.1.sh source /home-yg/env/openmpi-1.6.5-intel.sh cd $CURDIR #start creating .nodelist rm -rf $CURDIR/nodelist >& /dev/null for i in `echo $LSB_HOSTS` do echo "$i" >> $CURDIR/nodelist done nodelist=$(cat $CURDIR/nodelist | uniq | awk '{print $1}' | tr '\n' ',') # # echo -n "start time " > time date >> time mpirun -np $NP -machinefile $CURDIR/nodelist $VASP &> output echo -n "end time " >> time ; date >> time cat time >> output # # cd .. done exit 2.循環(huán)：for a in 2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 do rm WAVECAR cat > POSCAR <<! hcp-Co $a 1 0 0 -0.5 0.86602540378444 0 0 0 1.628 2 Direct 0.0 0.0 0.0 0.33333333 0.66666667 0.5 ! echo a=$a E=$(grep "energy without entropy" OUTCAR |tail -1| awk '{printf "%14.8f \n", $5}') V=$(grep "volume" OUTCAR |tail -1| awk '{printf "%14.8f \n", $5}') echo $E $V >> E-V.txt |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
木冰天化(漫天飄雪代發(fā)): 金幣+20, 謝謝交流 2019-04-18 08:21:27
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首先，第二個(gè)循環(huán)最后少了"done"。 其次，你寫了兩個(gè)循環(huán)，前一個(gè)循環(huán)，好像你的目的是想在每個(gè)node上都run一個(gè)vasp計(jì)算。 你應(yīng)該把第一去掉。只用第二個(gè)，把vasp運(yùn)行作業(yè)的命令放到第二個(gè)循環(huán)里適當(dāng)?shù)奈恢蒙稀? |
2樓2019-04-18 08:20:51
木冰天化
新蟲 (正式寫手)
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3樓2019-04-18 14:17:01
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